Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ, K. BERKA, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK a Jaroslav KOČA. Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite. Online. In STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS. TOTOWA: HUMANA PRESS INC, 2020, s. 1-13. 2112. ISBN 978-1-0716-0270-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1.

Základní údaje

Originální název

Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite

Autoři

SEHNAL, David (203 Česká republika, domácí), Radka SVOBODOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí), K. BERKA, Lukáš PRAVDA (203 Česká republika, domácí), Adam MIDLIK (703 Slovensko, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)

Vydání

TOTOWA, STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS, od s. 1-13, 13 s. 2112, 2020

Nakladatel

HUMANA PRESS INC

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Kapitola resp. kapitoly v odborné knize

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14740/20:00122562

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

ISBN

978-1-0716-0270-6

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1

UT WoS

000680164300002

Klíčová slova anglicky

Protein visualization; Atom selection; Validation report; Ligand representation; Electron density

Štítky

rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

LiteMol suite is an innovative solution that enables near-instant delivery of model and experimental biomacromolecular structural data, providing users with an interactive and responsive experience in all modern web browsers and mobile devices. LiteMol suite is a combination of data delivery services (CoordinateServer and DensityServer), compression format (BinaryCIF), and a molecular viewer (LiteMol Viewer). The LiteMol suite is integrated into Protein Data Bank in Europe (PDBe) and other life science web applications (e.g., UniProt, Ensemble, SIB, and CNRS services), it is freely available at https://litemol.org, and its source code is available via GitHub. LiteMol suite provides advanced functionality (annotations and their visualization, powerful selection features), and this chapter will describe their use for visual inspection of protein structures.

---

Návaznosti

ATCZ40, interní kód MU	Název: Creating synergies between research infrastructures to stimulate innovation in the cross-border region (Akronym: RIAT-CZ) Investor: Ministerstvo pro místní rozvoj ČR, Creating synergies between research infrastructures to stimulate innovation in the cross-border region
EF16_013/0001777, projekt VaV	Název: ELIXIR-CZ: Budování kapacit
LM2015047, projekt VaV	Název: Česká národní infrastruktura pro biologická data (Akronym: ELIXIR-CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Česká národní infrastruktura pro biologická data
676559, interní kód MU	Název: ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences (Akronym: ELIXIR-EXCELERATE) Investor: Evropská unie, ELIXIR-EXCELERATE: Fast-track ELIXIR implementation and drive early user exploitation across the life-sciences, RI Research Infrastructures (Excellent Science)