Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to
Scipion

J 2021

Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA et. al.

Základní údaje

Originální název

Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

Autoři

STŘELÁK, David (203 Česká republika, garant, domácí), Amaya JIMÉNEZ-MORENO (724 Španělsko), José VILAS (724 Španělsko), Erney RAMÍREZ-APORTELA (724 Španělsko), Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA (724 Španělsko), David MALUENDA (724 Španělsko), Javier VARGAS (724 Španělsko), David HERREROS (724 Španělsko), Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ (724 Španělsko), Federico DE ISIDRO-GÓMEZ (724 Španělsko), Jan HORÁČEK (203 Česká republika, domácí), David MYŠKA (203 Česká republika, domácí), Martin HORÁČEK (203 Česká republika, domácí), Pablo CONESA (724 Španělsko), Yunior FONSECA-REYNA (724 Španělsko), Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ (724 Španělsko), Mohamad HARASTANI (250 Francie), Slavica JONIĆ (250 Francie), Jiří FILIPOVIČ (203 Česká republika, domácí), Roberto MARABINI (724 Španělsko), José CARAZO (724 Španělsko) a Carlos SORZANO (724 Španělsko)

Vydání

Molecules, Mayer und Muller, 2021, 1420-3049

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 4.927

Kód RIV

RIV/00216224:14330/21:00122593

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224

UT WoS

000714566400001

Klíčová slova anglicky

Xmipp; Cryo-EM; Scipion; single-particle analysis

Štítky

J-Q2

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 24. 1. 2022 18:04, RNDr. David Střelák, Ph.D.

Anotace

V originále

Xmipp is an open-source software package consisting of multiple programs for processing data originating from electron microscopy and electron tomography, designed and managed by the Biocomputing Unit of the Spanish National Center for Biotechnology, although with contributions from many other developers over the world. During its 25 years of existence, Xmipp underwent multiple changes and updates. While there were many publications related to new programs and functionality added to Xmipp, there is no single publication on the Xmipp as a package since 2013. In this article, we give an overview of the changes and new work since 2013, describe technologies and techniques used during the development, and take a peek at the future of the package.

Návaznosti

EF16_013/0001802, projekt VaV

Název: CERIT Scientific Cloud

MUNI/A/1411/2019, interní kód MU

Název: Aplikovaný výzkum: softwarové architektury kritických infrastruktur, bezpečnost počítačových systémů, zpracování přirozeného jazyka a jazykové inženýrství, vizualizaci velkých dat a rozšířená realita.

Investor: Masarykova univerzita, Aplikovaný výzkum: softwarové architektury kritických infrastruktur, bezpečnost počítačových systémů, zpracování přirozeného jazyka a jazykové inženýrství, vizualizaci velkých dat a rozšířená realita., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

MUNI/A/1549/2020, interní kód MU

Název: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 21 (Akronym: SKOMU)

Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity 21

Citovat

STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David MALUENDA, Javier VARGAS, David HERREROS, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, Jan HORÁČEK, David MYŠKA, Martin HORÁČEK, Pablo CONESA, Yunior FONSECA-REYNA, Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ, Mohamad HARASTANI, Slavica JONIĆ, Jiří FILIPOVIČ, Roberto MARABINI, José CARAZO a Carlos SORZANO. Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion. Molecules. Mayer und Muller, 2021, roč. 26, č. 20, s. 1-14. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224.

@article{1798282,
   author = {Střelák, David and JiménezandMoreno, Amaya and Vilas, José and RamírezandAportela, Erney and SánchezandGarcía, Ruben and Maluenda, David and Vargas, Javier and Herreros, David and FernándezandGiménez, Estrella and de IsidroandGómez, Federico and Horáček, Jan and Myška, David and Horáček, Martin and Conesa, Pablo and FonsecaandReyna, Yunior and Jiménez, Jorge and Martínez, Marta and Harastani, Mohamad and Jonić, Slavica and Filipovič, Jiří and Marabini, Roberto and Carazo, José and Sorzano, Carlos},
   article_number = {20},
   doi = {http://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224},
   keywords = {Xmipp; Cryo-EM; Scipion; single-particle analysis},
   language = {eng},
   issn = {1420-3049},
   journal = {Molecules},
   title = {Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion},
   url = {https://www.mdpi.com/1420-3049/26/20/6224},
   volume = {26},
   year = {2021}
}

TY  - JOUR
ID  - 1798282
AU  - Střelák, David - Jiménez-Moreno, Amaya - Vilas, José - Ramírez-Aportela, Erney - Sánchez-García, Ruben - Maluenda, David - Vargas, Javier - Herreros, David - Fernández-Giménez, Estrella - de Isidro-Gómez, Federico - Horáček, Jan - Myška, David - Horáček, Martin - Conesa, Pablo - Fonseca-Reyna, Yunior - Jiménez, Jorge - Martínez, Marta - Harastani, Mohamad - Jonić, Slavica - Filipovič, Jiří - Marabini, Roberto - Carazo, José - Sorzano, Carlos
PY  - 2021
TI  - Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion
JF  - Molecules
VL  - 26
IS  - 20
SP  - 1-14
EP  - 1-14
PB  - Mayer und Muller
SN  - 14203049
KW  - Xmipp
KW  - Cryo-EM
KW  - Scipion
KW  - single-particle analysis
UR  - https://www.mdpi.com/1420-3049/26/20/6224
N2  - Xmipp is an open-source software package consisting of multiple programs for processing data originating from electron microscopy and electron tomography, designed and managed by the Biocomputing Unit of the Spanish National Center for Biotechnology, although with contributions from many other developers over the world. During its 25 years of existence, Xmipp underwent multiple changes and updates. While there were many publications related to new programs and functionality added to Xmipp, there is no single publication on the Xmipp as a package since 2013. In this article, we give an overview of the changes and new work since 2013, describe technologies and techniques used during the development, and take a peek at the future of the package.
ER  -

STŘELÁK, David, Amaya JIMÉNEZ-MORENO, José VILAS, Erney RAMÍREZ-APORTELA, Ruben SÁNCHEZ-GARCÍA, David MALUENDA, Javier VARGAS, David HERREROS, Estrella FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ, Federico DE ISIDRO-GÓMEZ, Jan HORÁČEK, David MYŠKA, Martin HORÁČEK, Pablo CONESA, Yunior FONSECA-REYNA, Jorge JIMÉNEZ, Marta MARTÍNEZ, Mohamad HARASTANI, Slavica JONI$\backslash$'C, Jiří FILIPOVIČ, Roberto MARABINI, José CARAZO a Carlos SORZANO. Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion. \textit{Molecules}. Mayer und Muller, 2021, roč.~26, č.~20, s.~1-14. ISSN~1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules26206224.

Podrobný výpis o publikaci