Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro

LAPČÍK, Petr, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro. In 7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24. 2021.

Základní údaje

Originální název

Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro

Název česky

Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro

Autoři

LAPČÍK, Petr, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL

Vydání

7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24, 2021

---

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

---

Anotace

V originále

Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) reprezentují nejagresivnější subtyp nádorů prsu (BC). Jelikož TNBC nádory neexprimují estrogenový, progesteronový ani Her-2 receptor, na které cílí biologická léčba ostatních BC subtypů, pacienty je v současné době možno léčit výhradně systémovou chemoterapií s řadou vedlejších účinků pro pacienty. Subtyp jako takový je navíc molekulárně velmi heterogenní, což ukazují data jak na transkriptové úrovni [1], tak pilotní data na proteinové [2] úrovni. Existuje tedy klinická potřeba zavést přesnější klasifikaci těchto nádorů a identifikovat nové terapeutické cíle pro definované podskupiny TNBC. Proteotypová klasifikace TNBC má přitom potenciál reflektovat fenotyp nádorů lépe než klasifikace na úrovni genové exprese. Pro proteotypovou klasifikaci TNBC máme k dispozici velmi dobře charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů. Lyzáty z nádorových zamražených tkáňových lyzátů byly štěpeny trypsinem, alikvoty byly smíchány, frakcionovány pomocí hydrofilní chromatografie a analyzovány pomocí LC-MS/MS v datově závislém (DDA) módu, jednotlivé lyzáty pak byly analyzovány v datově nezávislém módu (DIA) na hmotnostním spektrometru TimsTOF Pro (Bruker). Pro extrakci kvantitativních dat z DIA fingerprintů byla v programu Spectronaut 15 (Biognosys) vytvořena spektrální knihovna pokrývající 219738 prekurzorů, 151076 peptidů a 11186 proteinových skupin (FDR=1%). S využitím této spektrální knihovny jsme pomocí programu Spectronaut schopni konzistentně kvantifikovat 167625 prekurzorů, 122155 peptidů a 10304 proteinových skupin. Recentně získaná surová data představují dosud nejkonzistentnější pokrytí BC proteomu a budou využita k dalším analýzám s cílem lépe stratifikovat TNBC nádory pro cílenou biologickou terapii.

---

Návaznosti

LM2018127, velká výzkumná infrastruktura	Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2018127, velká výzkumná infrastruktura	Název: Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology (Akronym: CIISB) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
MUNI/A/1604/2020, interní kód MU	Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2021 Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2021