Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@proceedings{1816757,
author = {Lapčík, Petr and Jílková, Kateřina and Potěšil, David and Janáčová, Lucia and Bouchalová, Pavla and Hrstka, Roman and Nenutil, Rudolf and Bouchal, Pavel},
booktitle = {7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24},
language = {cze},
title = {Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro},
url = {https://drive.google.com/file/d/1YaLJLAuK2heeRbmcmGu4iL6EDkHlFblk/view},
year = {2021}
}
TY - CONF
ID - 1816757
AU - Lapčík, Petr - Jílková, Kateřina - Potěšil, David - Janáčová, Lucia - Bouchalová, Pavla - Hrstka, Roman - Nenutil, Rudolf - Bouchal, Pavel
PY - 2021
TI - Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro
UR - https://drive.google.com/file/d/1YaLJLAuK2heeRbmcmGu4iL6EDkHlFblk/view
N2 - Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) reprezentují nejagresivnější subtyp nádorů prsu (BC). Jelikož TNBC nádory neexprimují estrogenový, progesteronový ani Her-2 receptor, na které cílí biologická léčba ostatních BC subtypů, pacienty je v současné době možno léčit výhradně systémovou chemoterapií s řadou vedlejších účinků pro pacienty. Subtyp jako takový je navíc molekulárně velmi heterogenní, což ukazují data jak na transkriptové úrovni [1], tak pilotní data na proteinové [2] úrovni. Existuje tedy klinická potřeba zavést přesnější klasifikaci těchto nádorů a identifikovat nové terapeutické cíle pro definované podskupiny TNBC. Proteotypová klasifikace TNBC má přitom potenciál reflektovat fenotyp nádorů lépe než klasifikace na úrovni genové exprese. Pro proteotypovou klasifikaci TNBC máme k dispozici velmi dobře charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů. Lyzáty z nádorových zamražených tkáňových lyzátů byly štěpeny trypsinem, alikvoty byly smíchány, frakcionovány pomocí hydrofilní chromatografie a analyzovány pomocí LC-MS/MS v datově závislém (DDA) módu, jednotlivé lyzáty pak byly analyzovány v datově nezávislém módu (DIA) na hmotnostním spektrometru TimsTOF Pro (Bruker). Pro extrakci kvantitativních dat z DIA fingerprintů byla v programu Spectronaut 15 (Biognosys) vytvořena spektrální knihovna pokrývající 219738 prekurzorů, 151076 peptidů a 11186 proteinových skupin (FDR=1%). S využitím této spektrální knihovny jsme pomocí programu Spectronaut schopni konzistentně kvantifikovat 167625 prekurzorů, 122155 peptidů a 10304 proteinových skupin. Recentně získaná surová data představují dosud nejkonzistentnější pokrytí BC proteomu a budou využita k dalším analýzám s cílem lépe stratifikovat TNBC nádory pro cílenou biologickou terapii.
ER -
LAPČÍK, Petr, Kateřina JÍLKOVÁ, David POTĚŠIL, Lucia JANÁČOVÁ, Pavla BOUCHALOVÁ, Roman HRSTKA, Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro. In \textit{7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24}. 2021.
|
