J 2021

Super-resolution microscopy of chromatin fibers and quantitative DNA methylation analysis of DNA fiber preparations

FRANEK, Michal, Agata Magdalena KILAR, Petr FOJTÍK, Marie OLSINOVA, Ales BENDA et. al.

Základní údaje

Originální název

Super-resolution microscopy of chromatin fibers and quantitative DNA methylation analysis of DNA fiber preparations

Autoři

FRANEK, Michal (703 Slovensko, garant, domácí), Agata Magdalena KILAR (616 Polsko, domácí), Petr FOJTÍK (203 Česká republika, domácí), Marie OLSINOVA (203 Česká republika), Ales BENDA (203 Česká republika), Vladimír ROTREKL (203 Česká republika, domácí), Martina DVOŘÁČKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří FAJKUS (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Journal of Cell Science, Cambridge, Company of Biologists Ltd. 2021, 0021-9533

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10601 Cell biology

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 5.235

Kód RIV

RIV/00216224:14740/21:00119668

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

DOI

UT WoS

000686349300013

Klíčová slova anglicky

DNA; Fiber; Chromatin; Methylation; Microscopy

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 8. 10. 2024 10:09, Ing. Martina Blahová

Anotace

V originále

Analysis of histone variants and epigenetic marks is dominated by genome-wide approaches in the form of chromatin immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq) and related methods. Although uncontested in their value for single-copy genes, mapping the chromatin of DNA repeats is problematic for biochemical techniques that involve averaging of cell populations or analysis of clusters of tandem repeats in a single-cell analysis. Extending chromatin and DNA fibers allows us to study the epigenetics of individual repeats in their specific chromosomal context, and thus constitutes an important tool for gaining a complete understanding of the epigenetic organization of genomes. We report that using an optimized fiber extension protocol is essential in order to obtain more reproducible data and to minimize the clustering of fibers. We also demonstrate that the use of super-resolution microscopy is important for reliable evaluation of the distribution of histone modifications on individual fibers. Furthermore, we introduce a custom script for the analysis of methylation levels on DNA fibers and apply it to map the methylation of telomeres, ribosomal genes and centromeres.

Návaznosti

EF16_013/0001775, projekt VaV
Název: Modernizace a podpora výzkumných aktivit národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
EF16_026/0008446, projekt VaV
Název: Integrace signálu a epigenetické reprogramování pro produktivitu rostlin
GJ19-11880Y, projekt VaV
Název: Chromatinové prostředí indukované genotoxickými látkami
Investor: Grantová agentura ČR, Chromatinové prostředí indukované genotoxickými látkami
LTC18048, projekt VaV
Název: Prostorové uspořádání významných jaderných domén a jejich proteinových složek
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Prostorové uspořádání významných jaderných domén a jejich proteinových složek, INTER-COST
LTC20003, projekt VaV
Název: Dynamics of telomeres and rDNA loci in plant cell nuclei
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamics of telomeres and rDNA loci in plant cell nuclei, INTER-COST
NU20-06-00156, projekt VaV
Název: Vliv pneumologické medikace na funkce lidských kardiomyocytů.
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Vliv pneumologické medikace na funkce lidských kardiomyocytů, Podprogram 1 - standardní
90129, velká výzkumná infrastruktura
Název: Czech-BioImaging II