The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived
cancer xenograft data sharing and visualization

J 2022

The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization

DUDOVÁ, Zdenka, Nathalie CONTE, Jeremy MASON, Dalibor STUCHLÍK, Radim PEŠA et. al.

Základní údaje

Originální název

The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization

Autoři

DUDOVÁ, Zdenka (203 Česká republika, domácí), Nathalie CONTE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Jeremy MASON (826 Velká Británie a Severní Irsko), Dalibor STUCHLÍK (203 Česká republika, domácí), Radim PEŠA (203 Česká republika, domácí), Csaba HALMAGYI (826 Velká Británie a Severní Irsko), Zinaida PEROVA (826 Velká Británie a Severní Irsko), Abayomi MOSAKU (826 Velká Británie a Severní Irsko), Ross THORNE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Alex FOLLETTE (826 Velká Británie a Severní Irsko), Ľuboslav PIVARČ (703 Slovensko, domácí), Radim ŠAŠINKA (203 Česká republika, domácí), Muhammad USMAN (586 Pákistán, domácí), Steven NEUHAUSER (840 Spojené státy), Dale A BEGLEY (840 Spojené státy), Debra M KRUPKE (840 Spojené státy), Massimiliano FRASSÀ (380 Itálie), Alessandro FIORI (380 Itálie), Riccardo CORSI (380 Itálie), Luca VEZZADINI (380 Itálie), Claudio ISELLA (380 Itálie), Andrea BERTOTTI (380 Itálie), Carol BULT (840 Spojené státy), Helen PARKINSON (826 Velká Británie a Severní Irsko), Enzo MEDICO (380 Itálie), Terrence MEEHAN (826 Velká Británie a Severní Irsko) a Aleš KŘENEK (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

BMC Genomics, BioMed Central, 2022, 1471-2164

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 4.400

Kód RIV

RIV/00216224:14610/22:00125440

Organizační jednotka

Ústav výpočetní techniky

DOI

http://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1

UT WoS

000759579300005

Klíčová slova anglicky

PDX Molecular data analysis; Data harmonization; Research infrastructure; Database

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 15. 3. 2023 12:10, Mgr. Alena Mokrá

Anotace

V originále

Patient-derived xenografts (PDX) mice models play an important role in preclinical trials and personalized medicine. Sharing data on the models is highly valuable for numerous reasons – ethical, economical, research cross validation etc. The EurOPDX Consortium was established 8 years ago to share such information and avoid duplicating efforts in developing new PDX mice models and unify approaches to support preclinical research. EurOPDX Data Portal is the unified data sharing platform adopted by the Consortium.

Citovat

DUDOVÁ, Zdenka, Nathalie CONTE, Jeremy MASON, Dalibor STUCHLÍK, Radim PEŠA, Csaba HALMAGYI, Zinaida PEROVA, Abayomi MOSAKU, Ross THORNE, Alex FOLLETTE, Ľuboslav PIVARČ, Radim ŠAŠINKA, Muhammad USMAN, Steven NEUHAUSER, Dale A BEGLEY, Debra M KRUPKE, Massimiliano FRASSÀ, Alessandro FIORI, Riccardo CORSI, Luca VEZZADINI, Claudio ISELLA, Andrea BERTOTTI, Carol BULT, Helen PARKINSON, Enzo MEDICO, Terrence MEEHAN a Aleš KŘENEK. The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization. BMC Genomics. BioMed Central, 2022, roč. 23, č. 1, s. 1-11. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1.

@article{1837177,
   author = {Dudová, Zdenka and Conte, Nathalie and Mason, Jeremy and Stuchlík, Dalibor and Peša, Radim and Halmagyi, Csaba and Perova, Zinaida and Mosaku, Abayomi and Thorne, Ross and Follette, Alex and Pivarč, Ľuboslav and Šašinka, Radim and Usman, Muhammad and Neuhauser, Steven and Begley, Dale A and Krupke, Debra M and Frassà, Massimiliano and Fiori, Alessandro and Corsi, Riccardo and Vezzadini, Luca and Isella, Claudio and Bertotti, Andrea and Bult, Carol and Parkinson, Helen and Medico, Enzo and Meehan, Terrence and Křenek, Aleš},
   article_number = {1},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1},
   keywords = {PDX Molecular data analysis; Data harmonization; Research infrastructure; Database},
   language = {eng},
   issn = {1471-2164},
   journal = {BMC Genomics},
   title = {The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization},
   url = {https://doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1},
   volume = {23},
   year = {2022}
}

TY  - JOUR
ID  - 1837177
AU  - Dudová, Zdenka - Conte, Nathalie - Mason, Jeremy - Stuchlík, Dalibor - Peša, Radim - Halmagyi, Csaba - Perova, Zinaida - Mosaku, Abayomi - Thorne, Ross - Follette, Alex - Pivarč, Ľuboslav - Šašinka, Radim - Usman, Muhammad - Neuhauser, Steven - Begley, Dale A - Krupke, Debra M - Frassà, Massimiliano - Fiori, Alessandro - Corsi, Riccardo - Vezzadini, Luca - Isella, Claudio - Bertotti, Andrea - Bult, Carol - Parkinson, Helen - Medico, Enzo - Meehan, Terrence - Křenek, Aleš
PY  - 2022
TI  - The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization
JF  - BMC Genomics
VL  - 23
IS  - 1
SP  - 1-11
EP  - 1-11
PB  - BioMed Central
SN  - 14712164
KW  - PDX Molecular data analysis
KW  - Data harmonization
KW  - Research infrastructure
KW  - Database
UR  - https://doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1
N2  - Patient-derived xenografts (PDX) mice models play an important role in preclinical trials and personalized medicine. Sharing data on the models is highly valuable for numerous reasons – ethical, economical, research cross validation etc. The EurOPDX Consortium was established 8 years ago to share such information and avoid duplicating efforts in developing new PDX mice models and unify approaches to support preclinical research. EurOPDX Data Portal is the unified data sharing platform adopted by the Consortium.
ER  -

DUDOVÁ, Zdenka, Nathalie CONTE, Jeremy MASON, Dalibor STUCHLÍK, Radim PEŠA, Csaba HALMAGYI, Zinaida PEROVA, Abayomi MOSAKU, Ross THORNE, Alex FOLLETTE, Ľuboslav PIVARČ, Radim ŠAŠINKA, Muhammad USMAN, Steven NEUHAUSER, Dale A BEGLEY, Debra M KRUPKE, Massimiliano FRASSÀ, Alessandro FIORI, Riccardo CORSI, Luca VEZZADINI, Claudio ISELLA, Andrea BERTOTTI, Carol BULT, Helen PARKINSON, Enzo MEDICO, Terrence MEEHAN a Aleš KŘENEK. The EurOPDX Data Portal: an open platform for patient-derived cancer xenograft data sharing and visualization. \textit{BMC Genomics}. BioMed Central, 2022, roč.~23, č.~1, s.~1-11. ISSN~1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-022-08367-1.

Podrobný výpis o publikaci