2021
The analysis of CH–π interaction in protein–carbohydrate binding
HOUSER, Josef, Stanislav KOZMON, Deepti MISHRA, Zuzana HAMMEROVÁ, Michaela WIMMEROVÁ et. al.Základní údaje
Originální název
The analysis of CH–π interaction in protein–carbohydrate binding
Autoři
HOUSER, Josef (203 Česká republika, domácí), Stanislav KOZMON (703 Slovensko, domácí), Deepti MISHRA (356 Indie, domácí), Zuzana HAMMEROVÁ (203 Česká republika, domácí), Michaela WIMMEROVÁ (203 Česká republika, garant, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí)
Vydání
25th IUCr Congress, 2021
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 2.331
Kód RIV
RIV/00216224:14740/21:00129957
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
ISSN
Klíčová slova anglicky
CH-π interactions; protein-carbohydrate binding; bioinformatics; aromatic amino acids
Štítky
Změněno: 4. 4. 2024 20:45, Mgr. Eva Dubská
V originále
The molecular recognition of carbohydrates by proteins plays a key role in many biological processes including immune response, pathogen entry into a cell and cell-cell adhesion (e.g., in cancer metastasis). Carbohydrates interact with proteins mainly through hydrogen bonding, metal-ion-mediated interaction and non-polar dispersion interactions. The role of dispersion-driven CH-π interactions (stacking) in protein-carbohydrate recognition has been underestimated for a long time considering the polar interactions to be the main forces for saccharide interactions. However, over the last few years it turns out that non-polar interactions are equally important. Using the Protein Data Bank (PDB) structural data, we analyzed the CH-π interactions employing bioinformatics (data mining, structural analysis), several experimental (ITC, X-ray crystallography) and computational techniques. Within 12 000 protein complexes with carbohydrates from PDB, the stacking interactions were found in about 39% of them. The calculations and the ITC measurement results suggest that the CH-π stacking contribution to the overall binding energy ranges from 4 kcal/mol up to 8 kcal/mol. All the results show that the stacking CH-π interactions in protein-carbohydrate complexes can be considered to be a driving force of the binding in such complexes.
Česky
Rozpoznávání sacharidů proteiny na molekulární úrovni je klíčovou součástí mnoha biologických procesů včetně imunitní odpovědi, interakce patogenů s hostitelskou buňkou a buněčné adheze. S využitím dat z databáze PDB jsme s využitím bioinformatiky, experimentálních a výpočetních přístupů analyzovali zapojení CH-π interakcí od těchto procesů.
Návaznosti
| EF16_013/0001776, projekt VaV |
| ||
| GA18-18964S, projekt VaV |
| ||
| LQ1601, projekt VaV |
|