Complex simulation workflows in containerized high-performance environment

VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.

Základní údaje

• Originální název: Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
• Autoři: VIŠŇOVSKÝ, Vladimír (703 Slovensko, domácí), Viktória SPIŠAKOVÁ (703 Slovensko, domácí), Jana HOZZOVÁ (703 Slovensko, domácí), Jaroslav OĽHA (703 Slovensko, domácí), Dalibor TRAPL (203 Česká republika), Vojtěch SPIWOK (203 Česká republika), Lukáš HEJTMÁNEK (203 Česká republika, domácí) a Aleš KŘENEK (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: Brusel, Proc. ESM 2021, od s. 42-45, 4 s. 2021.
• Nakladatel: EUROSIS

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Stát vydavatele: Belgie
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Forma vydání: paměťový nosič (CD, DVD, flash disk)
• Kód RIV: RIV/00216224:14610/21:00119698
• Organizační jednotka: Ústav výpočetní techniky
• ISBN: 978-94-92859-18-1
• UT WoS: 000848790600007
• Klíčová slova anglicky: Docker; Jupyter notebook; Kubernetes; Molecular force field; Protein folding; Reproducibility; Workflow
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

utting-edge research involving in-silico simulations often requires to use many heterogeneous software tools made by different developers, resulting in complex, custom-made pipelines of various scripts and programs. Such pipelines are nearly impossible to be reproduced by other research groups, jeopardizing both quality and acceptance of such research results. Starting with two in-house use cases in computational chemistry, we identified a common pattern applicable for other applications as well, and we designed and implemented a solution based on Jupyter notebooks to drive the simulation, Docker containers to package all software dependencies, and Kubernetes execution environment to run several cooperating containers which build up the whole application.

Anotace česky

utting-edge research involving in-silico simulations often requires to use many heterogeneous software tools made by different developers, resulting in complex, custom-made pipelines of various scripts and programs. Such pipelines are nearly impossible to be reproduced by other research groups, jeopardizing both quality and acceptance of such research results. Starting with two in-house use cases in computational chemistry, we identified a common pattern applicable for other applications as well, and we designed and implemented a solution based on Jupyter notebooks to drive the simulation, Docker containers to package all software dependencies, and Kubernetes execution environment to run several cooperating containers which build up the whole application.

Návaznosti

• GA19-16857S, projekt VaV: Název: Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map

Investor: Grantová agentura ČR, Zpřesnění molekulárně mechanických potenciálů léčivům podobných molekul metodou property map