2022
Genomes, repeatomes and interphase chromosome organization in the meadowfoam family (Limnanthaceae, Brassicales)
ZUO, Sheng, Terezie MALÍK MANDÁKOVÁ, Michaela KUBOVÁ a Martin LYSÁKZákladní údaje
Originální název
Genomes, repeatomes and interphase chromosome organization in the meadowfoam family (Limnanthaceae, Brassicales)
Autoři
ZUO, Sheng (156 Čína, domácí), Terezie MALÍK MANDÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Michaela KUBOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Martin LYSÁK (203 Česká republika, garant, domácí)
Vydání
PLANT JOURNAL, ENGLAND, WILEY, 2022, 0960-7412
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10611 Plant sciences, botany
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 7.200
Kód RIV
RIV/00216224:14740/22:00125618
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
UT WoS
000787376300001
Klíčová slova anglicky
Brassicales chromosomes DNA repeats interphase Limnanthes meadowfoam Rabl repeatome
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 15. 10. 2024 14:48, Ing. Martina Blahová
Anotace
V originále
The meadowfoam family (Limnanthaceae) is one of the smallest and genomically underexplored families of the Brassicales. The Limnanthaceae harbor about seven species in the genus Limnanthes (meadowfoam) and Floerkea proserpinacoides (false mermaidweed), all native to North America. Because all Limnanthes and Floerkea species have only five chromosome pairs, i.e., a chromosome number rare in Brassicales and shared with Arabidopsis thaliana (Arabidopsis), we examined the Limnanthaceae genomes as a potential model system. Using low-coverage whole-genome sequencing data, we reexamined phylogenetic relationships and characterized the repeatomes of Limnanthaceae genomes. Phylogenies based on complete chloroplast and 35S rDNA sequences corroborated the sister relationship between Floerkea and Limnanthes and two major clades in the latter genus. The genome size of Limnanthaceae species ranges from 1.5 to 2.1 Gb, apparently due to the large increase in DNA repeats, which constitute 60-70% of their genomes. Repeatomes are dominated by long terminal repeat retrotransposons, while tandem repeats represent only less than 0.5% of the genomes. The average chromosome size in Limnanthaceae species (340-420 Mb) is more than 10 times larger than in Arabidopsis (32 Mb). A three-dimensional fluorescence in situ hybridization analysis demonstrated that the five chromosome pairs in interphase nuclei of Limnanthes species adopt the Rabl-like configuration.
Návaznosti
EF19_073/0016943, projekt VaV |
| ||
GA18-20134S, projekt VaV |
| ||
LM2018140, projekt VaV |
| ||
90129, velká výzkumná infrastruktura |
| ||
90132, velká výzkumná infrastruktura |
|