Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX
REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Karol PÁL, Jakub HYNŠT, Tomáš HRON, Nikos DARZENTAS, Veronika NAVRKALOVÁ a Karla PLEVOVÁ. Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX. 2021. |
Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
|
Základní údaje | |
---|---|
Originální název | Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX |
Název česky | Bioinformatický nástroj pro zpracování NGS dat a uživatelské rozhraní - LYNX |
Název anglicky | Bioinformatic tool with a user interface for NGS data analysis - LYNX |
Autoři | REIGL, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí), Jakub Paweł PORC (203 Česká republika, domácí), Karol PÁL (203 Česká republika, domácí), Jakub HYNŠT (616 Polsko, domácí), Tomáš HRON (300 Řecko), Nikos DARZENTAS (203 Česká republika), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Karla PLEVOVÁ (203 Česká republika). |
Vydání | 2021. |
Další údaje | |
---|---|
Originální jazyk | čeština |
Typ výsledku | Software |
Obor | 30401 Health-related biotechnology |
Stát vydavatele | Česká republika |
Utajení | není předmětem státního či obchodního tajemství |
WWW | Webové rozhraní bioinformatického nástroje LYNX |
Kód RIV | RIV/00216224:14740/21:00129461 |
Organizační jednotka | Středoevropský technologický institut |
Klíčová slova česky | LYNX; NGS panel; bioinformatický nástroj; uživatelské rozhraní; hematologické malignity |
Klíčová slova anglicky | LYNX; NGS panel; bioinformatic tool; user interface; haematological malignancies |
Technické parametry | Software LYNX je bioinformatická pipeline s webovým rozhraním. Pipeline se skládá z volně dostupných programů a vlastního kódu zejména v programovacích jazycích Perl, Python a Snakemake. Uživatelské prostředí komunikující s výpočetní pipeline je naprogramované v jazyce JavaScript. |
Změnil | Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 10. 2022 10:42. |
Anotace |
---|
LYNX je webový interaktivní bioinformatický nástroj pro analýzu dat získaných cíleným sekvenováním nové generace. Výpočetní algoritmy implementované v nástroji poskytují informace o mutacích ve vybraných genech, změnách v počtu kopií DNA, translokacích a přestavbách antigenních receptorů u nejběžnějších lymfoidních malignit. Všechny tyto informace jsou prezentovány prostřednictvím interaktivních tabulek a grafů v uživatelském rozhraní. |
Anotace anglicky |
---|
LYNX is a web-based interactive bioinformatic tool for the analysis of targeted next-generation sequencing data. Computational pipelines implemented in the tool provide information about mutations in selected genes, copy number variations across the genome, translocations, and rearrangements of antigen receptors in the most common lymphoid malignancies. All this information is presented via interactive tables and graphs in a user interface. |
Návaznosti | |
---|---|
TJ02000133, projekt VaV | Název: Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace |
Investor: Technologická agentura ČR, Vývoj modulární bioinformatické platformy pro analýzu dat získaných sekvenováním nové generace |
VytisknoutZobrazeno: 15. 10. 2024 08:39