eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Branislav BROZMANN a Luboš BRIM. eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems. Online. In I. Petre, A. Păun. 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology. LNBI 13447. Neuveden: Springer, 2022, s. 302-309. ISBN 978-3-031-15033-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17.

Základní údaje

• Originální název: eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems
• Autoři: TROJÁK, Matej (703 Slovensko, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Branislav BROZMANN (703 Slovensko, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: LNBI 13447. Neuveden, 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, od s. 302-309, 8 s. 2022.
• Nakladatel: Springer

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Stát vydavatele: Nizozemské království
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Forma vydání: elektronická verze "online"
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 0.402 v roce 2005
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/22:00129141
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• ISBN: 978-3-031-15033-3
• ISSN: 0302-9743
• Doi: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17
• Klíčová slova anglicky: rule-based modelling; regulations; SBML; Galaxy tool
• Štítky: firank_B
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

eBCSgen is a software tool for developing and analysing models written in Biochemical Space Language (BCSL). BCSL is a rule-based language designed for the description of biological systems with rewriting rules in the form of behavioural patterns. This tool paper describes a new version of the tool, implementing the support for regulations, a mechanism suitable for reducing the branching behaviour of concurrent systems. Additionally, the presented version provides export to SBML, and support for CTL model checking. The paper artefact is available via https://doi.org/10.5281/zenodo.6644973.

Návaznosti

• GA22-10845S, projekt VaV: Název: Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace (Akronym: PHAST)

Investor: Grantová agentura ČR, Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace

• MUNI/A/1145/2021, interní kód MU: Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI. (Akronym: SV-FI MAV XI.)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI.