eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based
Systems

D 2022

eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Branislav BROZMANN a Luboš BRIM

Základní údaje

Originální název

eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems

Autoři

TROJÁK, Matej (703 Slovensko, domácí), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí), Branislav BROZMANN (703 Slovensko, domácí) a Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí)

Vydání

LNBI 13447. Neuveden, 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, od s. 302-309, 8 s. 2022

Nakladatel

Springer

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Nizozemské království

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/22:00129141

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-031-15033-3

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17

Klíčová slova anglicky

rule-based modelling; regulations; SBML; Galaxy tool

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 6. 1. 2023 09:59, prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.

Anotace

V originále

eBCSgen is a software tool for developing and analysing models written in Biochemical Space Language (BCSL). BCSL is a rule-based language designed for the description of biological systems with rewriting rules in the form of behavioural patterns. This tool paper describes a new version of the tool, implementing the support for regulations, a mechanism suitable for reducing the branching behaviour of concurrent systems. Additionally, the presented version provides export to SBML, and support for CTL model checking. The paper artefact is available via https://doi.org/10.5281/zenodo.6644973.

Návaznosti

GA22-10845S, projekt VaV

Název: Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace (Akronym: PHAST)

Investor: Grantová agentura ČR, Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace

MUNI/A/1145/2021, interní kód MU

Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI. (Akronym: SV-FI MAV XI.)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace XI.

Citovat

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Branislav BROZMANN a Luboš BRIM. eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems. Online. In I. Petre, A. Păun. 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology. LNBI 13447. Neuveden: Springer, 2022, s. 302-309. ISBN 978-3-031-15033-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17.

@inproceedings{2213777,
   author = {Troják, Matej and Šafránek, David and Brozmann, Branislav and Brim, Luboš},
   address = {Neuveden},
   booktitle = {20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17},
   edition = {LNBI 13447},
   editor = {I. Petre, A. Păun},
   keywords = {rule-based modelling; regulations; SBML; Galaxy tool},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Neuveden},
   isbn = {978-3-031-15033-3},
   pages = {302-309},
   publisher = {Springer},
   title = {eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems},
   url = {https://doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17},
   year = {2022}
}

TY  - JOUR
ID  - 2213777
AU  - Troják, Matej - Šafránek, David - Brozmann, Branislav - Brim, Luboš
PY  - 2022
TI  - eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems
PB  - Springer
CY  - Neuveden
SN  - 9783031150333
KW  - rule-based modelling
KW  - regulations
KW  - SBML
KW  - Galaxy tool
UR  - https://doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17
N2  - eBCSgen is a software tool for developing and analysing models written in Biochemical Space Language (BCSL). BCSL is a rule-based language designed for the description of biological systems with rewriting rules in the form of behavioural patterns. This tool paper describes a new version of the tool, implementing the support for regulations, a mechanism suitable for reducing the branching behaviour of concurrent systems. Additionally, the presented version provides export to SBML, and support for CTL model checking. The paper artefact is available via https://doi.org/10.5281/zenodo.6644973.
ER  -

TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Branislav BROZMANN a Luboš BRIM. eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems. Online. In I. Petre, A. P\u aun. \textit{20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology}. LNBI 13447. Neuveden: Springer, 2022, s.~302-309. ISBN~978-3-031-15033-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0\_{}17.

Podrobný výpis o publikaci