J 2022

MSMetaEnhancer: A Python package for mass spectra metadata annotation

TROJÁK, Matej, Helge HECHT, Martin ČECH a Elliott James PRICE

Základní údaje

Originální název

MSMetaEnhancer: A Python package for mass spectra metadata annotation

Autoři

Vydání

Journal of Open Source Software, 2022

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 11. 2022 16:35, Helge Hecht, M.Sc.

Anotace

V originále

MSMetaEnhancer is a Python software package for the metadata enrichment of records in mass spectral library files commonly used as reference for chemical identification via mass spectrometry. Each record contains spectral information, i.e., peak mass to charge ratio (m/z) and intensities, alongside chemical & structural metadata, e.g., identifiers. The package uses matchms (Huber et al., 2020) for data IO and supports the open, text-based .msp format. It annotates given mass spectra records in the library file by adding missing metadata such as SMILES, InChI, and CAS numbers to the individual entries. The package retrieves the respective information by querying several external databases using existing metadata (e.g., SMILES or CAS number), converting different representations or database identifiers. Multiple databases and services are included, currently supporting the chemical identifier resolver (CIR), chemical translation service (CTS) (Wohlgemuth et al., 2010), ChemIDplus (Tomasulo, 2002), the Integrated Database for Small Molecules (IDSM) (Galgonek & Vondrášek, 2021), PubChem (Kim et al., 2021), and BridgeDb (van Iersel et al., 2010). Additionally, instead of querying external databases, computing the identifiers is also supported (e.g. molecular weight from SMILES).

Návaznosti

LM2018121, velká výzkumná infrastruktura
Název: Výzkumná infrastruktura RECETOX (Akronym: RECETOX RI)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, RECETOX RI
LM2018121, velká výzkumná infrastruktura
Název: RECETOX RI (Akronym: RECETOX RI)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, RECETOX RI
857560, interní kód MU
(Kód CEP: EF17_043/0009632)
Název: CETOCOEN Excellence (Akronym: CETOCOEN Excellence)
Investor: Evropská unie, CETOCOEN Excellence, Spreading excellence and widening participation