D 1999

Advances in computer analysis of radiation-induced changes in human genome

KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Leonard RÝZNAR, Andrea LIŠKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Advances in computer analysis of radiation-induced changes in human genome

Autoři

KOZUBEK, Michal (203 Česká republika), Stanislav KOZUBEK (203 Česká republika), Emilie LUKÁŠOVÁ (203 Česká republika), Leonard RÝZNAR, Andrea LIŠKOVÁ, Jana AMRICHOVÁ (203 Česká republika) a Gerda HORNECK
edited by C.Baumstark-Khan, S.Kozubek, G.Horneck.

Vydání

Dordrecht, Fundamentals for the assesment of risks from environmental radiation, s. 243-248, 1999

Nakladatel

Kluwer Academic Publishers

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering

Stát vydavatele

Nizozemské království

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14330/99:00001462

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

0-7923-5667-5

Štítky

Změněno: 8. 7. 2003 09:49, Ing. Libor Holuša, CSc.

Anotace

V originále

Chromosomal aberrations caused by radiation can be well detected using fluorescence in situ hybridization (FISH) technique. Not only numerical and structural changes, but also changes in spatial arrangement of chromosomes can be detected by an appropriate DNA-probe. Using FISH, both metaphase spreads and interphase nuclei can be analysed which is important in case of non-dividing cells. The analysis of FISH-stained microscopic slides can be done either manually or by means of a computer. The second approach is obviously preferable - the analysis is quicker, more precise, not biased and can be automated. Moreover, the compter can work overnight and process large quantities of data. The possibility to analyse a lot of images (i.e. a lot of metaphase spreads or interphase nuclei) is of great value in rare events studies such as radiation-induced aberrations where the percentage of damaged cells is very low for low doses (produced by environmental radiation) and a lot of data is needed for proper statistical scoring. The computer analysis of FISH-stained slides can be divided into three main parts: 1) object searching (finding the metaphase spread or interphase nuclei on the slide), 2) image capture (the image must be captured using a suitable CCD camera, digitized and transfered to the computer memory), 3) image analysis (computer must find the metaphase spreads or interphase nuclei, FISH-signals on them and evaluate the data). This paper describes the advances in automation of these three tasks and, subsequently, the whole process of FISH-stained slides analysis. The paper is concentrated mostly on the system developed in Brno based on Leica DMRXA motorized computer driven microscope, a PC Pentium computer and own software for image acquisition and analysis. The system was already successfully used in several studies including radiation induced changes in human genome.

Návaznosti

GA202/96/1718, projekt VaV
Název: Stanovení stabilních chromosomálních aberací indukovaných v buňkách lidské krve hustě ionizujícím zářením
Investor: Grantová agentura ČR, Stanovení stabilních chromosomálních aberací indukovaných v buňkách lidské krve hustě ionizujícím zářením
GA202/97/0874, projekt VaV
Název: Struktura interfázního jádra a její změny po ozáření
Investor: Grantová agentura ČR, Struktura interfázního jádra a její změny po ozáření
MSM 143300002, záměr
Název: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
VS97031, projekt VaV
Název: Využití analýzy obrazu při studiu mechanismů vzniku, v diagnostice a pro prevenci závažných onemocnění člověka
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití analýzy obrazu při studiu mechanismů vzniku, v diagnostice a pro prevenci závažných onemocnění člověka