Conformational changes upon phosphorylation of proline rich region of tau(210-240) peptide using molecular dynamic simulation

BERA, Krishnendu; Isabelle LANDRIEU a Jozef HRITZ. Conformational changes upon phosphorylation of proline rich region of tau(210-240) peptide using molecular dynamic simulation. In XIX Discussions in Structural Molecular Biology and 6th User Meeting of CIISB (Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology), Nove Hrady, South Bohemia, 23-25 March 2023. 2023.

Základní údaje

Originální název

Conformational changes upon phosphorylation of proline rich region of tau(210-240) peptide using molecular dynamic simulation

Autoři

BERA, Krishnendu; Isabelle LANDRIEU a Jozef HRITZ

Vydání

XIX Discussions in Structural Molecular Biology and 6th User Meeting of CIISB (Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology), Nove Hrady, South Bohemia, 23-25 March 2023, 2023

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10400 1.4 Chemical sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Příznaky

Recenzováno

---

Anotace

V originále

The conformational dynamics of intrinsically disordered proteins (IDPs) regulated by post-translational modifications (PTMs) such as phosphorylation is challenging to elucidate. A well-known IDP Tau is found hyper-phosphorylated in Alzheimer’s disease (AD) in humans. The proline-rich motif of tau (210-240) peptide directly interacts with proteins such as BIN1, 14-3-3 etc. Microsecond time scale, all atoms molecular dynamic (MD) simulation studies have been performed for apo and four phosphorylated (212pThr, 217pThr, 231pThr, 235pSer) tau(210-240) peptide using three different temperature variants (278K, 298K and 310K) and two different force field parameters (AMBER99SB-ILDN and CHARMM36m) with TIP4PD water model as these force fields parameters combine with water model worked the better for IDPs found from our group previous studies. These four-phosphorylations cause increase in compactness of the peptide. The binding of associated proteins like BIN1 with tau may alter by the strong salt bridges, forming nearby lysine and arginine due to the phosphorylation. Phosphorylation induces a strong structural transition, with tau (210-240) favouring a bent conformation. The MD simulation results were verified using NMR experimental parameters like chemical shift and 3J-coupling.

---

Návaznosti

GF20-05789L, projekt VaV	Název: Charakterizace přirozeně neuspořádaných proteinů Investor: Grantová agentura ČR, Characterization of intrinsically disordered proteins, Partnerská agentura (Rakousko)
LM2018140, projekt VaV	Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
LTAUSA18168, projekt VaV	Název: Selektivní NMR značení jako nástroj pro charakterizaci proteinových komplexů zapojených do neurodegenerativních onemocnění Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Selektivní NMR značení jako nástroj pro charakterizaci proteinových komplexů zapojených do neurodegenerativních onemocnění, INTER-ACTION
MUNI/A/1414/2022, interní kód MU	Název: Specifický výzkum v oblasti „Life Sciences“ Investor: Masarykova univerzita, Specifický výzkum v oblasti „Life Sciences“
101087124, interní kód MU	Název: Alzheimer's Disease Diagnostics Innovation and Translation to Clinical Practice in Central Europe Investor: Evropská unie, Alzheimer's Disease Diagnostics Innovation and Translation to Clinical Practice in Central Europe, Rozšiřování účasti a posílení ERA
90140, velká výzkumná infrastruktura	Název: e-INFRA CZ

Přiložené soubory

Abstract-NoveHardy-KB.pdf

Práva souboru pro čtení

×