J 2023

Structural Insight into Catalysis by the Flavin-Dependent NADH Oxidase (Pden_5119) of Paracoccus denitrificans

KRYL, Martin, Vojtěch SEDLÁČEK a Igor KUČERA

Základní údaje

Originální název

Structural Insight into Catalysis by the Flavin-Dependent NADH Oxidase (Pden_5119) of Paracoccus denitrificans

Autoři

KRYL, Martin (203 Česká republika, domácí), Vojtěch SEDLÁČEK (203 Česká republika, domácí) a Igor KUČERA (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

International Journal of Molecular Sciences, Basel, Multidisciplinary Digital Publishing Institute, 2023, 1422-0067

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 5.600 v roce 2022

Kód RIV

RIV/00216224:14310/23:00130493

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

000945013900001

Klíčová slova anglicky

FMN; NADH; dioxygen reduction; Paracoccus denitrificans

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 26. 1. 2024 07:46, prof. RNDr. Igor Kučera, DrSc.

Anotace

V originále

The Pden_5119 protein oxidizes NADH with oxygen under mediation by the bound flavin mononucleotide (FMN) and may be involved in the maintenance of the cellular redox pool. In biochemical characterization, the curve of the pH-rate dependence was bell-shaped with pK(a1) = 6.6 and pK(a2) = 9.2 at 2 mu M FMN while it contained only a descending limb pK(a) of 9.7 at 50 mu M FMN. The enzyme was found to undergo inactivation by reagents reactive with histidine, lysine, tyrosine, and arginine. In the first three cases, FMN exerted a protective effect against the inactivation. X-ray structural analysis coupled with site-directed mutagenesis identified three amino acid residues important to the catalysis. Structural and kinetic data suggest that His-117 plays a role in the binding and positioning of the isoalloxazine ring of FMN, Lys-82 fixes the nicotinamide ring of NADH to support the proS-hydride transfer, and Arg-116 with its positive charge promotes the reaction between dioxygen and reduced flavin.

Návaznosti

EF18_046/0015974, projekt VaV
Název: Modernizace České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii
GA16-18476S, projekt VaV
Název: Oxidační stres u denitrifikačních baktérií: objasnění funkce zúčastněných proteinů a možných dopadů na životní prostředí
Investor: Grantová agentura ČR, Oxidační stres u denitrifikačních baktérií: objasnění funkce zúčastněných proteinů a možných dopadů na životní prostředí
LM2023042, projekt VaV
Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CIISB - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
MUNI/A/1313/2022, interní kód MU
Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
MUNI/A/1604/2020, interní kód MU
Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2021
Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2021