Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@misc{2273367, author = {Planas Iglesias, Joan and Opálený, Filip and Ulbrich, Pavol and Štourač, Jan and Sanusi, Zainab Kemi and Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar and Schenkmayerová, A. and Byška, Jan and Damborský, Jiří and Kozlíková, Barbora and Bednář, David}, keywords = {EVOLUTION; DESIGN; SIMULATIONS; PREDICTION; MODEL}, language = {cze}, title = {Nástroj LoopGrafter}, url = {https://loschmidt.chemi.muni.cz/loopgrafter/#/}, year = {2022} }
TY - JFULL ID - 2273367 AU - Planas Iglesias, Joan - Opálený, Filip - Ulbrich, Pavol - Štourač, Jan - Sanusi, Zainab Kemi - Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar - Schenkmayerová, A. - Byška, Jan - Damborský, Jiří - Kozlíková, Barbora - Bednář, David PY - 2022 TI - Nástroj LoopGrafter KW - EVOLUTION KW - DESIGN KW - SIMULATIONS KW - PREDICTION KW - MODEL UR - https://loschmidt.chemi.muni.cz/loopgrafter/#/ N2 - Transplantace smyček mezi strukturně příbuznými proteiny je nadějná metoda ke zlepšení aktivity, specificity a stability proteinů a enzymů. Navzdory strukturní a funkční důležitosti smyčkových proteinových oblastí, v proteinovém inženýrství jsou však prozatím dostupné metody racionálního návrhu proteinů založené na smyčkách vzácné. Jedním ze specifických problémů souvisejících se smyčkovým inženýrstvím je jejich jedinečná dynamika, která jim umožňuje uplatňovat např. alosterickou kontrolu nad katalytickou funkcí enzymů. Když se tedy inženýrsky transplantují smyčky mezi dvěma různými proteiny, je třeba vzít v úvahu takovou dynamiku v kontextu proteinové struktury. Druhou praktickou výzvou je identifikace míst vhodných pro transplantaci, zjištění ideální délky přenášené smyčky apod. V Loschmidtových laboratořích MU vyvíjíme softwarový nástroj LoopGrafter, který specificky navádí proces roubování smyčky mezi strukturně příbuznými proteiny. Server poskytuje interaktivní postup krok za krokem, ve kterém může uživatel postupně identifikovat smyčky ve dvou vstupních proteinech, vypočítat jejich geometrie, posoudit jejich podobnosti a dynamiku a vybrat počet smyček k transplantaci. Vypočítají se všechny možné různé chimérické proteiny odvozené z jakéhokoli existujícího bodu rekombinace a pro každý z nich se zkonstruují a energeticky vyhodnotí 3D modely. Získané výsledky lze interaktivně vizualizovat v uživatelsky přívětivém grafickém rozhraní a stáhnout pro podrobné strukturální analýzy. ER -
PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, A. SCHENKMAYEROVÁ, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. \textit{Nástroj LoopGrafter}. 2022.
|