2022
SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní
BYSTRÝ, Vojtěch, Viktor MAŠÍČEK, Nicolas MOKRIŠ a Martin DEMKOZákladní údaje
Originální název
SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní
Název anglicky
SeqUIa: Software platform for GUI based next generation sequencing data analysis
Autoři
BYSTRÝ, Vojtěch (203 Česká republika, garant, domácí), Viktor MAŠÍČEK (203 Česká republika), Nicolas MOKRIŠ (203 Česká republika, domácí) a Martin DEMKO (703 Slovensko)
Vydání
2022
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Software
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14740/22:00129636
Organizační jednotka
Středoevropský technologický institut
Klíčová slova česky
bioinformatika;sekvenování nové generace;integrace dat;stratifikace onkologických pacientů
Klíčová slova anglicky
bioinformatics;next generation sequencing;patient stratification;data integration;pediatric solid tumors
Technické parametry
SeqUIa je obecný nástroj pro automatické zpracování a analýzu dat vygenerovaných pomocí Next Generation Sequencing technologie jednoduše ovládaný skrze grafické rozhraní. SW byl vyvinut ve spolupráci s partnerskou firmou Apps Dev Team s.r.o. (IČO: 24701009). V rámci projektu firma vyvíjela moduly SeqUIa-Top a SeqUIa-TRUNk a Masarykova univerzita poskytovala know-how v oblasti molekulární genetiky a vyvíjela modul BioRoots. Každý z modulů je uložen v samostatném git repositáři. O spoluvlastnictví tohoto výsledku byla uzavřena smlouva. Smluvní strany se dohodly, že výsledek projektu bude ve spoluvlastnictví v následujícím poměru (Masarykova univerzita:Apps Dev Team): 40:60.
Štítky
Změněno: 17. 4. 2023 10:20, Ing. Daniela Tršová, Ph.D.
V originále
SeqUIa je plnohodnotný laboratorní informační systém pro molekulární diagnostiku založenou na NGS, který zahrnuje prostředky pro snadné spouštění analytických pracovních postupů. Implementovaný bioinformatický pracovní postup se skládá ze všech standardních NGS analýz (např. volání variant, transkriptomika, IG/TR klonalita, CRISPR). Díky modulární povaze SeqUIa lze moduly snadno přizpůsobit.
Anglicky
SeqUIa is a full-fledged laboratory information system for NGS based molecular diagnostics, which includes the means to run the analytical workflows effortlessly. The implemented bioinformatics workflow consists of all standard NGS analyses (e.g. variant calling, transcriptomics, IG/TR clonality, CRISPR, single-cell). Thanks to the modular nature of SeqUIa, the modules can be easily customized.
Návaznosti
| TJ04000141, projekt VaV |
|