J 2023

The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking

MAŠKA, Martin; Vladimír ULMAN; Pablo DELGADO-RODRIGUEZ; Estibaliz GÓMEZ-DE-MARISCAL; Tereza NEČASOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking

Autoři

MAŠKA, Martin (203 Česká republika, garant, domácí); Vladimír ULMAN (203 Česká republika, domácí); Pablo DELGADO-RODRIGUEZ (724 Španělsko); Estibaliz GÓMEZ-DE-MARISCAL (724 Španělsko); Tereza NEČASOVÁ (203 Česká republika, domácí); Fidel A Guerrero PEÑA (76 Brazílie); Tsang Ing REN (840 Spojené státy); Elliot M MEYEROWITZ (840 Spojené státy); Tim SCHERR (276 Německo); Katharina LÖFFLER (276 Německo); Ralf MIKUT (276 Německo); Tianqi GUO (840 Spojené státy); Yin WANG (840 Spojené státy); Jan P ALLEBACH (840 Spojené státy); Rina BAO (840 Spojené státy); Noor M AL-SHAKARJI (840 Spojené státy); Gani RAHMON (840 Spojené státy); Imad Eddine TOUBAL (840 Spojené státy); Kannappan PALANIAPPAN (840 Spojené státy); Filip LUX (203 Česká republika, domácí); Petr MATULA (203 Česká republika, domácí); Ko SUGAWARA (250 Francie); Klas E G MAGNUSSON (752 Švédsko); Layton AHO (840 Spojené státy); Andrew R COHEN (840 Spojené státy); Assaf ARBELLE (376 Izrael); Tal BEN-HAIM (376 Izrael); Tammy Riklin RAVIV (376 Izrael); Fabian ISENSEE (276 Německo); Paul F JÄGER (276 Německo); Klaus H MAIER-HEIN (276 Německo); Yanming ZHU (36 Austrálie); Cristina EDERRA (724 Španělsko); Ainhoa URBIOLA (724 Španělsko); Erik MEIJERING (36 Austrálie); Alexandre CUNHA (840 Spojené státy); Arrate MUÑOZ-BARRUTIA (724 Španělsko); Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí) a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO (724 Španělsko)

Vydání

Nature Methods, 2023, 1548-7091

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 36.100

Kód RIV

RIV/00216224:14330/23:00130820

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-01879-y

UT WoS

000999144000001

EID Scopus

2-s2.0-85159660888

Klíčová slova anglicky

cell segmentation;cell tracking;benchmarking

Štítky

cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 8. 4. 2024 15:39, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

The Cell Tracking Challenge is an ongoing benchmarking initiative that has become a reference in cell segmentation and tracking algorithm development. Here, we present a significant number of improvements introduced in the challenge since our 2017 report. These include the creation of a new segmentation-only benchmark, the enrichment of the dataset repository with new datasets that increase its diversity and complexity, and the creation of a silver standard reference corpus based on the most competitive results, which will be of particular interest for data-hungry deep learning-based strategies. Furthermore, we present the up-to-date cell segmentation and tracking leaderboards, an in-depth analysis of the relationship between the performance of the state-of-the-art methods and the properties of the datasets and annotations, and two novel, insightful studies about the generalizability and the reusability of top-performing methods. These studies provide critical practical conclusions for both developers and users of traditional and machine learning-based cell segmentation and tracking algorithms.

Návaznosti

EF18_046/0016045, projekt VaV
Název: Modernizace národní infrastruktury pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
GA21-20374S, projekt VaV
Název: Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
Investor: Grantová agentura ČR, Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
LM2023050, projekt VaV
Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech BioImaging: Národní výzkumná infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování
MUNI/A/1081/2022, interní kód MU
Název: Modelování, analýza a verifikace (2023)
Investor: Masarykova univerzita, Modelování, analýza a verifikace (2023)
Zobrazeno: 18. 8. 2025 07:18