Laboratoře analýzy mikrobiomu - testování nanomateriálu obsahujícího probiotikum a jeho využití v preventivní medicíně

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Filip RŮŽIČKA, František JANDA, Pavla HOLOCHOVÁ, Maximilián RADA, Zdeněk POKORNÝ, Eva KUŽELOVÁ KOŠŤÁKOVÁ, Eva BUDINSKÁ, Petra RŮŽIČKOVÁ and Jana KLÁNOVÁ. Laboratoře analýzy mikrobiomu - testování nanomateriálu obsahujícího probiotikum a jeho využití v preventivní medicíně (Microbiome analysis laboratories - testing of a nanomaterial containing a probiotic and its use in preventive medicine). In MATEDAS, 2023. 2023.

Basic information

• Original name: Laboratoře analýzy mikrobiomu - testování nanomateriálu obsahujícího probiotikum a jeho využití v preventivní medicíně
• Name (in English): Microbiome analysis laboratories - testing of a nanomaterial containing a probiotic and its use in preventive medicine
• Authors: BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Filip RŮŽIČKA (203 Czech Republic), František JANDA (203 Czech Republic), Pavla HOLOCHOVÁ (203 Czech Republic), Maximilián RADA (703 Slovakia), Zdeněk POKORNÝ, Eva KUŽELOVÁ KOŠŤÁKOVÁ, Eva BUDINSKÁ (703 Slovakia), Petra RŮŽIČKOVÁ (203 Czech Republic) and Jana KLÁNOVÁ (203 Czech Republic).
• Edition: MATEDAS, 2023, 2023.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: 10608 Biochemistry and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/23:00131167
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: probiotics; nanomaterial

Abstract

Výzkumná činnost centra RECETOX je podporována nejmodernější výzkumnou infrastrukturou, která je částečně centralizovaná do samostatných jednotek, tzv. core facilit. Výzkumná infrastruktura funguje na principu „open access“, v rámci kterého poskytuje své kapacity interním i externím uživatelům z akademické i průmyslové sféry. Součástí našich Centrálních laboratoří je také core facilita Laboratoře analýzy mikrobiomu, ve které se zabýváme analýzou mikrobiomu humánních, animálních i environmentálních vzorků, a to s využitím moderních metod sekvenování nové generace. Kromě vlastní analýzy vzorků, nabízíme i pomoc s designem metagenomických studií, vyhodnocením sekvenačních dat a interpretací dat, a to ve spolupráci s core facilitami Datových služeb.  Jedním z výzkumných projektů, na kterém spolupracujeme, je testování nanovlákenné zubní nitě určené k cílené aplikaci probiotika do gingiválního sulku. Specifický orální probiotický kmen je na nanovlákno nanesen v olejové suspenzi. K testování vzorků sulkulární tekutiny získaných od participantů studie, kteří budou uživatelé zubní nitě s/bez probiotika po několikatýdenní období, vyvíjíme multiplexovou kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR) ke stanovení probiotika obsaženého v zubní niti a také vybraných orálních bakterií asociovaných s patologickými stavy v dutině ústní. Díky tomuto metodickému přístupu bude možné zhodnotit, zda použití zubní nitě s probiotikem vede v krátkodobém či dlouhodobém horizontu k ovlivnění relativního zastoupení konkrétních kmenů v oblasti sulku a zda má takto modifikovaná nanovlákenná nit s implementovaným probiotikem potenciál být preventivním nástrojem proti vzniku a rozvoji zubního kazu a parodontitidě.

Abstract (in English)

The research activities of the RECETOX Centre are supported by state-of-the-art research infrastructure, which is partially centralised in separate units, the so-called core facilities. The research infrastructure operates on the principle of "open access", providing its capacity to internal and external users from both academia and industry. Our Central Laboratories also include a core facility, the Microbiome Analysis Laboratory, where we analyse the microbiome of human, animal and environmental samples using modern next-generation sequencing methods. In addition to actual sample analysis, we offer assistance with metagenomic study design, sequencing data evaluation and data interpretation, in collaboration with the Data Services core facilities.  One of the research projects we are collaborating on is the testing of nanofibrous dental floss designed for targeted probiotic application to the gingival sulcus. A specific oral probiotic strain is applied to the nanofiber in an oil suspension. We are developing a multiplex quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay to test sulcular fluid samples obtained from study participants who will be flossing with/without the probiotic for a period of several weeks to determine the probiotic contained in the floss as well as selected oral bacteria associated with oral pathologies.Thanks to this methodological approach, it will be possible to evaluate whether the use of dental floss with a probiotic leads in the short or long term to an influence on the relative abundance of specific strains in the sulcus area and whether this modified nanofibre floss with implemented probiotic has the potential to be a preventive tool against the occurrence and development of dental caries and periodontitis.

Links

• FW02020042, research and development project: Name: Využití nanovláken k aplikaci bioaktivních látek pomocí zubní nitě

Investor: Technology Agency of the Czech Republic, Subprograms 2 Newcomers

• LM2023069, research and development project: Name: Výzkumná infrastruktura RECETOX

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, RECETOX research infrastructure