Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

D 2023

Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK, Eva ŠMIJÁKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks

Autoři

BENEŠ, Nikola (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko), David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, domácí) a Eva ŠMIJÁKOVÁ (703 Slovensko, domácí)

Vydání

Luxembourg City, Luxembourg, Computational Methods in Systems Biology, od s. 18-35, 18 s. 2023

Nakladatel

Springer Cham

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10200 1.2 Computer and information sciences

Stát vydavatele

Lucembursko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

tištěná verze "print"

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 0.402 v roce 2005

Kód RIV

RIV/00216224:14330/23:00131639

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-3-031-42696-4

ISSN

DOI

http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2

UT WoS

001156280600002

Klíčová slova anglicky

Boolean networks;Partial specification;Permanent control;Phenotype;Perturbation;Symbolic algorithm

Štítky

firank_B

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 7. 4. 2024 23:21, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Partially specified Boolean networks (PSBNs) represent a promising framework for the qualitative modelling of biological systems in which the logic of interactions is not completely known. Phenotype control aims to stabilise the network in states exhibiting specific traits. In this paper, we define the phenotype control problem in the context of asynchronous PSBNs and propose a novel semi-symbolic algorithm for solving this problem with permanent variable perturbations.

Návaznosti

GA22-10845S, projekt VaV

Název: Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace (Akronym: PHAST)

Investor: Grantová agentura ČR, Studium role polyhydroxyalkanoátů u bakterie Schlegelella thermodepolymerans – slibného bakteriálního kandidáta pro biotechnologie nové generace

MUNI/A/1081/2022, interní kód MU

Název: Modelování, analýza a verifikace (2023)

Investor: Masarykova univerzita, Modelování, analýza a verifikace (2023)

MUNI/G/1771/2020, interní kód MU

Název: Computational reconstruction of mechanistic framework underlying receptor tyrosine kinase function in signal transduction (Akronym: FGFSIGMOD)

Investor: Masarykova univerzita, Computational reconstruction of mechanistic framework underlying receptor tyrosine kinase function in signal transduction, INTERDISCIPLINARY - Mezioborové výzkumné projekty

Citovat

BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks. In Jun Pang, Joachim Niehren. Computational Methods in Systems Biology. Luxembourg City, Luxembourg: Springer Cham, 2023, s. 18-35. ISBN 978-3-031-42696-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2.

@inproceedings{2308500,
   author = {Beneš, Nikola and Brim, Luboš and Pastva, Samuel and Šafránek, David and Šmijáková, Eva},
   address = {Luxembourg City, Luxembourg},
   booktitle = {Computational Methods in Systems Biology},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2},
   editor = {Jun Pang, Joachim Niehren},
   keywords = {Boolean networks;Partial specification;Permanent control;Phenotype;Perturbation;Symbolic algorithm},
   howpublished = {tištěná verze "print"},
   language = {eng},
   location = {Luxembourg City, Luxembourg},
   isbn = {978-3-031-42696-4},
   pages = {18-35},
   publisher = {Springer Cham},
   title = {Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks},
   url = {https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-42697-1_2},
   year = {2023}
}

TY  - JOUR
ID  - 2308500
AU  - Beneš, Nikola - Brim, Luboš - Pastva, Samuel - Šafránek, David - Šmijáková, Eva
PY  - 2023
TI  - Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks
PB  - Springer Cham
CY  - Luxembourg City, Luxembourg
SN  - 9783031426964
KW  - Boolean networks;Partial specification;Permanent control;Phenotype;Perturbation;Symbolic algorithm
UR  - https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-3-031-42697-1_2
N2  - Partially specified Boolean networks (PSBNs) represent a promising framework for the qualitative modelling of biological systems in which the logic of interactions is not completely known. Phenotype control aims to stabilise the network in states exhibiting specific traits. In this paper, we define the phenotype control problem in the context of asynchronous PSBNs and propose a novel semi-symbolic algorithm for solving this problem with permanent variable perturbations.
ER  -

BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks. In Jun Pang, Joachim Niehren. \textit{Computational Methods in Systems Biology}. Luxembourg City, Luxembourg: Springer Cham, 2023, s.~18-35. ISBN~978-3-031-42696-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1\_{}2.

Podrobný výpis o publikaci