2023
Evolutionary Dynamics of LTR Retrotransposons in Holocentric Plants from Juncaceae Family
KRÁTKÁ, Marie, Pavel JEDLIČKA, Zdeněk KUBÁT a Eduard KEJNOVSKÝZákladní údaje
Originální název
Evolutionary Dynamics of LTR Retrotransposons in Holocentric Plants from Juncaceae Family
Název česky
Evoluční dynamika LTR retrotransposonů v holocentrických rostlinnách čeledi Juncaceae
Autoři
KRÁTKÁ, Marie, Pavel JEDLIČKA, Zdeněk KUBÁT a Eduard KEJNOVSKÝ
Vydání
ITAT 2023 Information Technologies – Applications and Theory, 2023
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10602 Biology , Evolutionary biology
Stát vydavatele
Slovensko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISSN
Klíčová slova česky
holocentrické chromozomy, LTR retrotranmsposony, Juncaceae, evoluční genomika, centromera, rekombinace, repetitivní sekvence
Klíčová slova anglicky
holocentric chromosomes, LTR retrotransposons, Juncaceae, evolutionary genomics, centromere, recombination, repeats
Změněno: 4. 10. 2023 09:38, Mgr. Marie Krátká
Anotace
V originále
LTR retrotransposons are mobile genetic elements which play significant role in plant genome structure, organization, and evolutionary dynamics. Holocentricity represents an unusual and distinct genome organization type which has independently arisen at least five times in Angiosperms. Expanded distribution of centromeric units in holocentrics affects the landscape of many genomic and epigenomic features. Our work shows how centromere organization type affects evolutionary footprints of LTR retrotransposon activation, targeting (insertion to specific chromosomal regions or to other LTR retrotransposons), and degradation by analysing element abundance, position, insertion time, nesting, and elimination (presence of solo-LTRs) in plants from Juncaceae family — monocentric Juncus effusus and holocentric Luzula sylvatica. Analysis of this special type of chromosomes allows us to better understand the factors and mechanisms forming genomic landscape in plants.
Návaznosti
MUNI/A/1556/2021, interní kód MU |
|