a 2023

Evolutionary Dynamics of LTR Retrotransposons in Holocentric Plants from Juncaceae Family

KRÁTKÁ, Marie, Pavel JEDLIČKA, Zdeněk KUBÁT a Eduard KEJNOVSKÝ

Základní údaje

Originální název

Evolutionary Dynamics of LTR Retrotransposons in Holocentric Plants from Juncaceae Family

Název česky

Evoluční dynamika LTR retrotransposonů v holocentrických rostlinnách čeledi Juncaceae

Autoři

KRÁTKÁ, Marie, Pavel JEDLIČKA, Zdeněk KUBÁT a Eduard KEJNOVSKÝ

Vydání

ITAT 2023 Information Technologies – Applications and Theory, 2023

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10602 Biology , Evolutionary biology

Stát vydavatele

Slovensko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISSN

Klíčová slova česky

holocentrické chromozomy, LTR retrotranmsposony, Juncaceae, evoluční genomika, centromera, rekombinace, repetitivní sekvence

Klíčová slova anglicky

holocentric chromosomes, LTR retrotransposons, Juncaceae, evolutionary genomics, centromere, recombination, repeats
Změněno: 4. 10. 2023 09:38, Mgr. Marie Krátká

Anotace

V originále

LTR retrotransposons are mobile genetic elements which play significant role in plant genome structure, organization, and evolutionary dynamics. Holocentricity represents an unusual and distinct genome organization type which has independently arisen at least five times in Angiosperms. Expanded distribution of centromeric units in holocentrics affects the landscape of many genomic and epigenomic features. Our work shows how centromere organization type affects evolutionary footprints of LTR retrotransposon activation, targeting (insertion to specific chromosomal regions or to other LTR retrotransposons), and degradation by analysing element abundance, position, insertion time, nesting, and elimination (presence of solo-LTRs) in plants from Juncaceae family — monocentric Juncus effusus and holocentric Luzula sylvatica. Analysis of this special type of chromosomes allows us to better understand the factors and mechanisms forming genomic landscape in plants.

Návaznosti

MUNI/A/1556/2021, interní kód MU
Název: Specifický výzkum v oblastech funkční genomiky a proteomiky (Akronym: SV-FGP)
Investor: Masarykova univerzita, Specifický výzkum v oblastech funkční genomiky a proteomiky