Alternatives to classical HiC data analysis

D 2023

Alternatives to classical HiC data analysis

LEXA, Matej a Hedvig HEGYI

Základní údaje

Originální název

Alternatives to classical HiC data analysis

Autoři

LEXA, Matej a Hedvig HEGYI

Vydání

Bratislava, Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023), od s. 14-14, 1 s. 2023

Nakladatel

Knižniˇcné a ediˇcné centrum, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Slovensko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Forma vydání

elektronická verze "online"

Odkazy

Abstracts of WBCB 2023

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

978-80-8147-132-2

Klíčová slova anglicky

HiC analysis

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 12. 9. 2024 12:33, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Anotace

V originále

HiC is a variant of DNA library preparation and sequencing that can provide information about 3D arrangement patterns in chromatin. A typical HiC experiment involves cross-linking chromatin in vivo, fragmenting it in vitro, ligating the fragments in a proximity-dependent manner. Finally a library for paired-end sequencing is created and sequenced by short read sequencing technology [3]. The typical HiC data analysis today is to preprocess HiC sequencing reads, map them to the closest reference genome, and bin mapped pairs by genomic location to obtain a contact matrix that can be visualized. Reliable tools and pipelines exist to carry out such analyses.

Návaznosti

GA21-00580S, projekt VaV

Název: Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázního jádra (Akronym: transpozony)

Investor: Grantová agentura ČR, Jak rostlinné transposony přispívají ke "genomové krajině" a organizaci interfázních jáder

Citovat

LEXA, Matej a Hedvig HEGYI. Alternatives to classical HiC data analysis. Online. In Bronislava Brejova, Matej Lexa. Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023). Bratislava: Knižniˇcné a ediˇcné centrum, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského, 2023, s. 14-14. ISBN 978-80-8147-132-2.

@inproceedings{2342098,
   author = {Lexa, Matej and Hegyi, Hedvig},
   address = {Bratislava},
   booktitle = {Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023)},
   editor = {Bronislava Brejova, Matej Lexa},
   keywords = {HiC analysis},
   howpublished = {elektronická verze "online"},
   language = {eng},
   location = {Bratislava},
   isbn = {978-80-8147-132-2},
   pages = {14-14},
   publisher = {Knižniˇcné a ediˇcné centrum, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského},
   title = {Alternatives to classical HiC data analysis},
   url = {https://compbio.fmph.uniba.sk/epubs/proceedingsWBCB2023.pdf},
   year = {2023}
}

TY  - JOUR
ID  - 2342098
AU  - Lexa, Matej - Hegyi, Hedvig
PY  - 2023
TI  - Alternatives to classical HiC data analysis
PB  - Knižniˇcné a ediˇcné centrum, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského
CY  - Bratislava
SN  - 9788081471322
KW  - HiC analysis
UR  - https://compbio.fmph.uniba.sk/epubs/proceedingsWBCB2023.pdf
N2  - HiC is a variant of DNA library preparation and sequencing that can provide information about 3D arrangement patterns in chromatin. A typical HiC experiment involves cross-linking chromatin in vivo, fragmenting it in vitro, ligating the fragments in a proximity-dependent manner. Finally a library for paired-end sequencing is created and sequenced by short read sequencing technology [3]. The typical HiC data analysis today is to preprocess HiC sequencing reads, map them to the closest reference genome, and bin mapped pairs by genomic location to obtain a contact matrix that can be visualized. Reliable tools and pipelines exist to carry out such analyses.
ER  -

LEXA, Matej a Hedvig HEGYI. Alternatives to classical HiC data analysis. Online. In Bronislava Brejova, Matej Lexa. \textit{Workshop on Bioinformatics and Computational Biology (WBCB 2023)}. Bratislava: Knižniˇcné a ediˇcné centrum, Fakulta matematiky, fyziky a informatiky, Univerzita Komenského, 2023, s.~14-14. ISBN~978-80-8147-132-2.

Podrobný výpis o publikaci