a 2023

Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response

ŠIMONÍK, Jan, Richard ŠTEFANÍK, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL et. al.

Základní údaje

Originální název

Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response

Autoři

ŠIMONÍK, Jan (203 Česká republika, domácí), Richard ŠTEFANÍK (203 Česká republika, domácí), Pavla BOUCHALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Petr LAPČÍK (203 Česká republika, domácí), David POTĚŠIL (203 Česká republika, domácí), Ján PODHOREC (703 Slovensko, domácí), Milan HORA (203 Česká republika, domácí), Alexandr POPRACH (203 Česká republika, domácí), Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Doctoral conference 2023, MUNI, Department of Biochemistry, 2023

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/23:00132431

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

renal cell carcinoma
Změněno: 5. 4. 2024 09:49, Mgr. Tereza Miškechová

Anotace

V originále

Renal cell carcinoma (RCC) has one of the highest incidences in the Czech Republic worldwide. However, reliable molecular markers related to critical clinical issues are still missing. To quantify proteins associated with pro-tumorigenic and pro-metastatic mechanisms in RCC, the RCC-specific spectral library of targeted proteomics assays was first generated, containing 7960 protein groups (FDR = 1%). Second, we analysed a set of localised RCC tissues (n=84) using data-independent acquisition mass spectrometry (DIA-MS), of which half relapsed in five years after diagnosis. We identified one key protein with the potential to predict relapse. CRISPR/Cas9 knockdown confirmed the role of this protein in cell migration and in the 3D spheroid assay in 786-0 cells, supporting its role in the metastatic potential of RCC cells. An independent migration/invasiveness method, transwell assay, is currently in progress to further verify the results. Third, we analysed a set of metastatic RCC tissues (training set n=53, validation set n=22) and adjacent non-cancerous tissues (n=17), of which a part of the tumours responded to the tyrosine kinase inhibitor (TKI) treatment, and a part did not. We identified one key protein associated with a poor response to TKI. CRISPR/Cas9 knockdown followed by cell migration assay, transwell assay and 3D spheroid assay confirmed its role in the metastatic potential of 786-0 cells. In summary, we successfully identified new potential prognostic and alternative therapeutic targets for localized and metastatic RCC using next-generation proteomics, and their functional validation is now in progress.

Návaznosti

LM2018127, projekt VaV
Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LM2018129, projekt VaV
Název: Národní infrastruktura pro biologické a medicínské zobrazování Czech-BioImaging
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, National research infrastructure for biological and medical imaging
LX22NPO5102, projekt VaV
Název: Národní ústav pro výzkum rakoviny (Akronym: NÚVR)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní ústav pro výzkum rakoviny, 5.1 EXCELES
MUNI/A/1313/2022, interní kód MU
Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
NV19-08-00250, projekt VaV
Název: Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Proteotypová klasifikace renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi