a 2023

Web-based bioinformatic tool LYNX: LYmphoid NeXt-generation sequencing data analysis and visualization in hematological malignancies.

PORC, Jakub Paweł; Tomáš REIGL; Veronika NAVRKALOVÁ; Jakub HYNŠT; Karol PÁL et al.

Základní údaje

Originální název

Web-based bioinformatic tool LYNX: LYmphoid NeXt-generation sequencing data analysis and visualization in hematological malignancies.

Autoři

Vydání

EMBL Conference Cancer Genomics 2023, Heidelberg, Německo, 2023

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14740/23:00132767

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

Next-generation sequencing; targeted NGS panel LYNX; cancer genomics

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 22. 12. 2025 13:30, Mgr. Petra Trembecká, Ph.D.

Anotace

V originále

Next-generation sequencing (NGS) is rapidly advancing technology in cancer genomics. The single NGS experiment can replace several laboratory tests and provide requested information about the tumor samples. However, new requirements for bioinformatic tools and computational resources are emerging in diagnostics and research. Following the development of an integrative, targeted NGS panel LYNX, enabling the detection of genetic markers recurring in lymphoid malignancies (PMID: 34082072), we focused on designing a LYNX bioinformatics tool, featuring all necessary analytical steps as well as a user interface (UI) for easy data representation and interpretation. State-of-the art resources were used to achieve our goal, such as React.js, D3.js visualisation library, Integrated Genome Browser and GATK industry standard variant calling pipeline.

Návaznosti

LM2018140, projekt VaV
Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
NU21-08-00237, projekt VaV
Název: Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu, Podprogram 1 - standardní
NU22-08-00227, projekt VaV
Název: Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace, Podprogram 1 - standardní

Přiložené soubory

Cancer-Genomics_2023_EMBL_Abstract_Book_-_FINAL.pdf Licence Creative Commons Verze souboru