A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Veronika NAVRKALOVÁ, Jakub HYNŠT, Karol PÁL, Kamila STRÁNSKÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, Šárka POSPÍŠILOVÁ a Karla PLEVOVÁ. A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology. In ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko. 2023.

Základní údaje

Originální název

A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

Autoři

REIGL, Tomáš (203 Česká republika, domácí), Jakub Paweł PORC (616 Polsko, domácí), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jakub HYNŠT (203 Česká republika, domácí), Karol PÁL (703 Slovensko, domácí), Kamila STRÁNSKÁ (203 Česká republika, domácí), Jana KOTAŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Šárka POSPÍŠILOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí) a Karla PLEVOVÁ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko, 2023

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Kód RIV

RIV/00216224:14740/23:00132843

Organizační jednotka

Středoevropský technologický institut

Klíčová slova anglicky

Next-generation sequencing; genetic markers; lymphoid malignancies; LYNX

Štítky

NÚVR_CEITEC, rivok

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

---

Anotace

V originále

Next-generation sequencing (NGS) is one of the most rapidly expanding technologies in laboratory medicine. In routine diagnostics, a single NGS experiment can replace several laboratory tests and provide more information about the disease being tested. Commonly, the assistance of a qualified bioinformatician or a dedicated tool is necessary for the data analysis. Our team has created an integrative, targeted NGS panel that detects genetic markers common for most abundant lymphoid malignancies (PMID: 34082072). For this panel, we have developed a bioinformatic tool, LYNX, with a user interface (UI) that allows diagnosticians to easily analyze the data and interactively visualize the results. This facilitates data interpretation and speeds up diagnostic procedures.

---

Návaznosti

LM2018140, projekt VaV	Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
LX22NPO5102, projekt VaV	Název: Národní ústav pro výzkum rakoviny (Akronym: NÚVR) Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní ústav pro výzkum rakoviny, 5.1 EXCELES
NU20-08-00314, projekt VaV	Název: Single cell analýza: moderní nástroj pro studium klonální evoluce u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií s vysokým rizikem (Akronym: Single cell analysis of CLL cells) Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Single cell analysis: a modern tool to study clonal evolution in high-risk patients with chronic lymphocytic leukemia, Podprogram 1 - standardní
NU21-08-00237, projekt VaV	Název: Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu, Podprogram 1 - standardní
NU22-08-00227, projekt VaV	Název: Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace, Podprogram 1 - standardní