A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.

REIGL, Tomáš, Jakub Paweł PORC, Veronika NAVRKALOVÁ, Jakub HYNŠT, Karol PÁL, Kamila STRÁNSKÁ, Jana KOTAŠKOVÁ, Šárka POSPÍŠILOVÁ a Karla PLEVOVÁ. A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology. In ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko. 2023.

Základní údaje

• Originální název: A web-based bioinformatic tool LYNX for targeted LYmphoid NeXt- generation sequencing data analysis and visualization for hematooncology.
• Autoři: REIGL, Tomáš (203 Česká republika, domácí), Jakub Paweł PORC (616 Polsko, domácí), Veronika NAVRKALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jakub HYNŠT (203 Česká republika, domácí), Karol PÁL (703 Slovensko, domácí), Kamila STRÁNSKÁ (203 Česká republika, domácí), Jana KOTAŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Šárka POSPÍŠILOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí) a Karla PLEVOVÁ (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: ESHG Conference 2023, Glasgow, Skotsko, 2023.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/23:00132843
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Klíčová slova anglicky: Next-generation sequencing; genetic markers; lymphoid malignancies; LYNX
• Štítky: NÚVR_CEITEC, rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Next-generation sequencing (NGS) is one of the most rapidly expanding technologies in laboratory medicine. In routine diagnostics, a single NGS experiment can replace several laboratory tests and provide more information about the disease being tested. Commonly, the assistance of a qualified bioinformatician or a dedicated tool is necessary for the data analysis. Our team has created an integrative, targeted NGS panel that detects genetic markers common for most abundant lymphoid malignancies (PMID: 34082072). For this panel, we have developed a bioinformatic tool, LYNX, with a user interface (UI) that allows diagnosticians to easily analyze the data and interactively visualize the results. This facilitates data interpretation and speeds up diagnostic procedures.

Návaznosti

• LM2018140, projekt VaV: Název: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ

• LX22NPO5102, projekt VaV: Název: Národní ústav pro výzkum rakoviny (Akronym: NÚVR)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní ústav pro výzkum rakoviny, 5.1 EXCELES

• NU20-08-00314, projekt VaV: Název: Single cell analýza: moderní nástroj pro studium klonální evoluce u pacientů s chronickou lymfocytární leukémií s vysokým rizikem (Akronym: Single cell analysis of CLL cells)

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Single cell analysis: a modern tool to study clonal evolution in high-risk patients with chronic lymphocytic leukemia, Podprogram 1 - standardní

• NU21-08-00237, projekt VaV: Název: Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé sekvenační metody pro analýzu strukturních přestaveb nádorového genomu, Podprogram 1 - standardní

• NU22-08-00227, projekt VaV: Název: Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Pokročilé molekulární analýzy pro komplexní diagnostiku a monitorování pacientů s difúzním velkobuněčným B-lymfomem: využití profilování genové exprese, tekutých biopsií a sekvenování třetí generace, Podprogram 1 - standardní