a 2023

Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy

HRACHOVINOVÁ, Šárka, Pavla BOUCHALOVÁ, Petr LAPČÍK, David POTĚŠIL, Kateřina JURÁSKOVÁ et. al.

Základní údaje

Originální název

Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy

Název česky

Proteogenomická klasifikace trojitě-negativních karcinomů prsu pro stanovení prognózy a cílené terapie

Autoři

HRACHOVINOVÁ, Šárka (203 Česká republika, domácí), Pavla BOUCHALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Petr LAPČÍK (203 Česká republika, domácí), David POTĚŠIL (203 Česká republika, domácí), Kateřina JURÁSKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Vojtěch BYSTRÝ (203 Česká republika, domácí), Boris TICHÝ (203 Česká republika, domácí), Rudolf NENUTIL (203 Česká republika, domácí), Roman HRSTKA (203 Česká republika, domácí) a Pavel BOUCHAL (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Abstract Book of Doctoral conference 2023, Brno, CZ, 1.6.2023, 2023

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14310/23:00132896

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

triple-negative breast cancer; classification; proteomics; genomics; transcriptomics; subtypes
Změněno: 5. 4. 2024 10:00, Mgr. Tereza Miškechová

Anotace

V originále

Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive subtype of breast cancer characterised by the absence of estrogen, progesterone, and HER2 receptors. This subtype accounts for approximately 15% of all breast cancers and mainly affects premenopausal women under the age of 40. Unfortunately, TNBC has a very poor prognosis, with chemotherapy as the typical primary treatment due to the lack of targetable receptors. Currently, TNBC is classified based on histological features and molecular profiling. The widely accepted classifications by Lehmann (2011 and 2016) and Burstein (2015) utilise gene expression profiling data and suggest ~four TNBC groups with different characteristics. However, we hypothesise that next-generation proteomics should provide a more relevant classification of the TNBC phenotype, as proteins are the true molecular effectors in cells. The unique and well-characterised set of 114 TNBC fresh frozen tissues from the Masaryk Memorial Cancer Institute was processed for this project. Whole exome sequencing (WES), RNA sequencing on Illumina NovaSeq, and proteomics analysis in DIA-MS mode on timsTOF Pro were performed, resulting in a set of 101 samples with high-quality genomics, transcriptomics, and proteomics data. We will classify these samples based on RNA and protein profiles and will use WES data to identify somatic variants in coding genomic regions responsible for this proteogenomic classification. The key milestone of this project is to identify new potential therapeutic targets that could be potentially utilised to improve TNBC therapy.

Návaznosti

LM2018127, projekt VaV
Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii (Akronym: CIISB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Czech Infrastructure for Integrative Structural Biology
LX22NPO5102, projekt VaV
Název: Národní ústav pro výzkum rakoviny (Akronym: NÚVR)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní ústav pro výzkum rakoviny, 5.1 EXCELES
MUNI/A/1313/2022, interní kód MU
Název: Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
Investor: Masarykova univerzita, Podpora biochemického výzkumu v roce 2023
NU22-08-00230, projekt VaV
Název: Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii, Podprogram 1 - standardní