J 2025

Virion content unpacked by long-read sequencing: Stress-induced changes in transmitted staphylococcal mobilome due to phage-satellite interactions

BOTKA, Tibor; Soňa SMETANOVÁ; Adam VINCO; Eliška KUČEROVÁ; Kristína ROVŇÁKOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Virion content unpacked by long-read sequencing: Stress-induced changes in transmitted staphylococcal mobilome due to phage-satellite interactions

Autoři

Vydání

Nucleic Acids Research, Oxford, England, Oxford University Press, 2025, 0305-1048

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10607 Virology

Stát vydavatele

Velká Británie a Severní Irsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Impakt faktor

Impact factor: 13.100 v roce 2024

Označené pro přenos do RIV

Ano

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

EID Scopus

Klíčová slova anglicky

Mobile Genetic Elements; Nanopore Sequencing; Horizontal Gene Transfer; Phage Therapy; DNA packaging; Bacteriophage Satellites

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 23. 3. 2026 17:42, Mgr. Tibor Botka, Ph.D.

Anotace

V originále

The evolution of the virulence and antibiotic resistance of staphylococci, important opportunistic pathogens, is strongly determined by their mobilome, which can spread by phage virions or small-headed particles resulting from the hijacking of helper phage machinery by phage satellites named phage-inducible chromosomal islands (PICIs). Despite known mechanisms of the formation of transducing particles, it has not yet been possible to analyze their DNA content at the single-virion level. Using the Staphylococcus epidermidis model and long-read nanopore sequencing, we determined the sequence structure and ratio of phage and PICI genophores, plasmid, and bacterial DNA packaged in normal and small-headed virions. It was shown that the ratios vary mainly depending on the helper phage and the antimicrobial used for induction. When the effect of a strictly lytic phage and its combination with ciprofloxacin on a packaged mobilome was analyzed, no significant increase in mobilome dissemination was observed compared to antibiotics alone. Here, we demonstrate a novel approach for the analysis of transduced bacterial mobilome and show in vitro that lytic phage-based therapeutic strategies do not increase the risk of mobile genetic element transfer.

Návaznosti

LM2023042, projekt VaV
Název: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CIISB - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
LM2023067, projekt VaV
Název: Národní centrum lékařské genomiky
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, NCLG: Národní centrum lékařské genomiky
LX22NPO5103, projekt VaV
Název: Národní institut virologie a bakteriologie (Akronym: NIVB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní institut virologie a bakteriologie, 5.1 EXCELES
MUNI/A/1760/2024, interní kód MU
Název: Biomedicínské vědy V
Investor: Masarykova univerzita, Biomedicínské vědy V
MUNI/A/1784/2024, interní kód MU
Název: Nové přístupy k diagnostice, prevenci a léčbě nozokomiálních patogenů
Investor: Masarykova univerzita, Nové přístupy k diagnostice, prevenci a léčbě nozokomiálních patogenů
NU21J-05-00035, projekt VaV
Název: Synergie lytických bakteriofágů a antibiotik v léčbě povrchových infekcí způsobených Staphylococcus aureus (Akronym: PAS-based therapy of S. aureus infections)
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Synergy of lytic bacteriophages and antibiotics in the therapy of topical infections of Staphylococcus aureus, Podprogram 2 - juniorský - výzkumníci do 35 let
90269, velká výzkumná infrastruktura
Název: RECETOX RI II

Přiložené soubory

2527718.pdf Licence Creative Commons Verze souboru