J 2002

Three-Bond Sugar-Base Couplings in Purine versus Pyrimidine Nucleosides: A DFT Study of Karplus Relationships for 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1' in DNA

MUNZAROVÁ, Markéta a Vladimír SKLENÁŘ

Základní údaje

Originální název

Three-Bond Sugar-Base Couplings in Purine versus Pyrimidine Nucleosides: A DFT Study of Karplus Relationships for 3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1' in DNA

Autoři

MUNZAROVÁ, Markéta (203 Česká republika) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, garant)

Vydání

Journal of the American Chemical Society, Washington, D.C. American Chemical Society, 2002, 0002-7863

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 6.201

Kód RIV

RIV/00216224:14310/02:00006453

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

NUCLEIC-ACIDS; CONSTANTS; OLIGONUCLEOTIDES

Štítky

CONSTANTS, NUCLEIC-ACIDS, Oligonucleotides
Změněno: 20. 6. 2008 12:55, prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.

Anotace

V originále

3JC2/4-H1' and 3JC6/8-H1' scalar spin-spin coupling constants have been calculated for deoxyadenosine, deoxyguanosine, deoxycytidine, and deoxythymidine as functions of the glycosidic torsion angle c by means of density functional theory. Except for deoxythymidine, 3JC2/4-H1' depends little on the base type. On the contrary, 3JC6/8-H1' follow the usual trans to cis ratio (3JC-H(cis) < 3JC-H(trans)) for purine nucleosides but reveal the opposite relation (3JC-H(cis) > 3JC-H(trans)) for pyrimidine nucleosides. Our results compare well with the experiment for deoxyguanosine and predict a novel trend in the case of pyrimidine bases for which no NMR results are available in the syn region. A breakdown of the key Fermi contact part of 3JC6/8-H1' into MO contributions rationalizes this trend in terms of an unusual coupling mechanism in the syn orientation that is very effective for pyrimidine nucleosides and considerably weaker for purine nucleosides.

Návaznosti

LN00A016, projekt VaV
Název: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
Zobrazeno: 8. 11. 2024 23:00