Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí
multiplex PCR

J 2002

Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK a Jiří DOŠKAŘ

Základní údaje

Originální název

Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR

Název anglicky

Detection of prophages in Staphylococcus aureus strains using multiplex PCR

Autoři

ORÁČOVÁ, Eva (203 Česká republika), Veronika KVARDOVÁ (203 Česká republika), Roman PANTŮČEK (203 Česká republika, garant) a Jiří DOŠKAŘ (203 Česká republika)

Vydání

Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela, Brno, Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, 1210-6267

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/02:00006635

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Bacterial Typing Techniques; DNA; Bacteriophages; Staphylococcus aureus; Lysogeny; Multiplex PCR; Prophage detection

Štítky

Bacterial Typing Techniques, bacteriophages, DNA, Lysogeny, Multiplex PCR, Prophage detection, Staphylococcus aureus

Změněno: 18. 11. 2002 11:14, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.

Anotace

ORIG EN

V originále

V genomech typizačních fágů S. aureus mezinárodní řady byly vyhledány sekvence specific-ké pro fágové druhy séroskupin A (fág 3A, 5 003 bp), B (fág 53, 3 926 bp), F (fág 77, 3 398 bp) a L (fág 187, 1 927 bp). Hybridizační sondy připravené z těchto sekvencí detekují v lyzogenních kmenench S. aureus profágy příslušných fágových druhů. K usnadnění detekce profágů byly pro každou ze specifických sond stanoveny sekvence a navrženy PCR-primery, umožňující získat pro každý fágový druh amplifikační produkt charakteristické velikosti (pro fágy serologické skupiny A: 3A-F 5' CTT TGA CAT GAC ATC CGC TTG AC 3' a 3A-R 5' TAT CAG GCG AGA ATT AAG GG 3', produkt 745 bp; pro fágy serologické skupiny B: 53-F 5' ACT TAT CCA GGT GGY GTT ATT G 3' a 53-R 5' TGT ATT TAA TTT CGC CGT TAG TG 3', produkt 405 bp; pro fágy serologické skupiny F: 77-F 5' TAC GGG AAA ATA TTC GGA AG 3' a 77-R 5' ATA ATC CGC ACC TCA TTC CT 3', produkt 548 bp a pro fágy serologické skupiny L produkt 850 bp). Optimalizací sady primerů byla zavedena multiplex PCR pro přímý důkaz přítomnosti profágů jednotlivých druhů v jediné PCR-reakci. Metoda detekce profágů byla ověřena jak na uměle lyzogenizovaných kmenech připravených na našem pracovišti, tak na kmenech z klinického materiálu. S využitím této techniky byly prokázány významné rozdíly v obsahu profágů u meticilin-rezistentních kmenů. Srovnání diskriminační schopnosti několika genotypizačních metod (PFGE, ribotypizace) prokázalo, že stanovení rozdílů v obsahu profágů představuje velmi citlivou typizační metodu, která je vhodná i pro odlišení blízce příbuzných kmenů.

Anglicky

neuvedeno

Návaznosti

GA301/02/1505, projekt VaV

Název: Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární diagnostika, epidemiologie a klasifikace klinicky významných grampozitivních koků

MSM 143100008, záměr

Název: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Genomy a jejich funkce

Citovat

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK a Jiří DOŠKAŘ. Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR. Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela. Brno: Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, roč. 24, č. 1, s. 37. ISSN 1210-6267.

@article{406336,
   author = {Oráčová, Eva and Kvardová, Veronika and Pantůček, Roman and Doškař, Jiří},
   article_location = {Brno},
   article_number = {1},
   keywords = {Bacterial Typing Techniques; DNA; Bacteriophages; Staphylococcus aureus; Lysogeny; Multiplex PCR; Prophage detection},
   language = {cze},
   issn = {1210-6267},
   journal = {Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela},
   note = {Genetická konference - Perspektivy genetiky, genomy a genová exprese, Brno 5.-6. 2. 2002},
   title = {Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR},
   volume = {24},
   year = {2002}
}

TY  - JOUR
ID  - 406336
AU  - Oráčová, Eva - Kvardová, Veronika - Pantůček, Roman - Doškař, Jiří
PY  - 2002
TI  - Detekce profágů v kmenech Staphylococcus aureus pomocí multiplex PCR
JF  - Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela
VL  - 24
IS  - 1
SP  - 37
EP  - 37
PB  - Genetická společnost Gregora Mendela
SN  - 12106267
N1  - Genetická konference - Perspektivy genetiky, genomy a genová exprese, Brno 5.-6. 2. 2002
KW  - Bacterial Typing Techniques
KW  - DNA
KW  - Bacteriophages
KW  - Staphylococcus aureus
KW  - Lysogeny
KW  - Multiplex PCR
KW  - Prophage detection
N2  - V genomech typizačních fágů S. aureus mezinárodní řady byly vyhledány sekvence specific-ké pro fágové druhy séroskupin A (fág 3A, 5 003 bp), B (fág 53, 3 926 bp), F (fág 77, 3 398 bp) a L (fág 187, 1 927 bp). Hybridizační sondy připravené z těchto sekvencí detekují v lyzogenních kmenench S. aureus profágy příslušných fágových druhů. K usnadnění detekce profágů byly pro každou ze specifických sond stanoveny sekvence a navrženy PCR-primery, umožňující získat pro každý fágový druh amplifikační produkt charakteristické velikosti (pro fágy serologické skupiny A: 3A-F 5' CTT TGA CAT GAC ATC CGC TTG AC 3' a 3A-R 5' TAT CAG GCG AGA ATT AAG GG 3', produkt 745 bp; pro fágy serologické skupiny B: 53-F 5' ACT TAT CCA GGT GGY GTT ATT G 3' a 53-R 5' TGT ATT TAA TTT CGC CGT TAG TG 3', produkt 405 bp; pro fágy serologické skupiny F: 77-F 5' TAC GGG AAA ATA TTC GGA AG 3' a 77-R 5' ATA ATC CGC ACC TCA TTC CT 3', produkt 548 bp a pro fágy serologické skupiny L produkt 850 bp). Optimalizací sady primerů byla zavedena multiplex PCR pro přímý důkaz přítomnosti profágů jednotlivých druhů v jediné PCR-reakci. Metoda detekce profágů byla ověřena jak na uměle lyzogenizovaných kmenech připravených na našem pracovišti, tak na kmenech z klinického materiálu. S využitím této techniky byly prokázány významné rozdíly v obsahu profágů u meticilin-rezistentních kmenů. Srovnání diskriminační schopnosti několika genotypizačních metod (PFGE, ribotypizace) prokázalo, že stanovení rozdílů v obsahu profágů představuje velmi citlivou typizační metodu, která je vhodná i pro odlišení blízce příbuzných kmenů.
ER  -

ORÁČOVÁ, Eva, Veronika KVARDOVÁ, Roman PANTŮČEK a Jiří DOŠKAŘ. Detekce profágů v kmenech $<$I$>$Staphylococcus aureus$<$/I$>$ pomocí multiplex PCR. \textit{Informační listy Genetické společnosti Gregora Mendela}. Brno: Genetická společnost Gregora Mendela, 2002, roč.~24, č.~1, s.~37. ISSN~1210-6267.

Podrobný výpis o publikaci