D 2002

Hydration of the CDK2 active site. Molecular dynamics study.

KŘÍŽ, Zdeněk, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA

Základní údaje

Originální název

Hydration of the CDK2 active site. Molecular dynamics study.

Autoři

KŘÍŽ, Zdeněk (203 Česká republika, garant), Michal OTYEPKA (203 Česká republika) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika)

Vydání

ETH Zurich, Watoc'02 Book of Abstracts, od s. PC439, 1 s. 2002

Nakladatel

WATOC'02

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10610 Biophysics

Stát vydavatele

Švýcarsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/02:00007227

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Molecular dynamics; hydration; cyclin dependent kinase;

Štítky

Změněno: 4. 1. 2004 17:43, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.

Anotace

V originále

The structural, dynamical, and functional importance of water molecules for biomolecular structure and recognition is well-known. Water contributes significantly to the stability of biomacromolecules and plays a crucial role in molecular association. X-ray crystallography, NMR spectroscopy, and neutron diffraction are typical experimental methods to analyze presence of water molecules at atomic level. In absence of high-resolution experimental data, theoretical studies, such as molecular dynamics simulations, represent complementary methods to locate water positions and understand the dynamics and energetics of these water molecules. Water molecules behavior based on results of molecular dynamics simulations of the enzyme cyclin-dependent kinase cdk2 and its complexes with natural substrate (ATP) and two inhibitors (roscovitine, isopentenyladenine) was discussed. Enzyme cdk2 plays an important role in the cell cycle. The inhibitors of this enzyme are potential anticancer therapeutics. The results of MD study show the substrate dependent and independent positions in the cdk2 that can be solvated. The interaction energy of these water molecules with protein and with substrate was discussed.

Návaznosti

GV201/98/K041, projekt VaV
Název: HCILAB - Laboratoř interakcí člověka s počítačem
Investor: Grantová agentura ČR, HCILAB - Laboratoř interakcí člověka s počítačem
MSM 143100005, záměr
Název: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu