2003
Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans
BOUCHAL, Pavel, Petra PŘECECHTĚLOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERAZákladní údaje
Originální název
Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans
Název anglicky
Analysis of proteome of bacterium Paracoccus denitrificans
Autoři
BOUCHAL, Pavel (203 Česká republika), Petra PŘECECHTĚLOVÁ (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Igor KUČERA (203 Česká republika, garant)
Vydání
Brno, VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků, s. 17-18, 2003
Nakladatel
Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/03:00007947
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
80-210-3053-4
Klíčová slova anglicky
Proteome; Paracoccus denitrificans; Membrane proteins; Two-dimensional electrophoresis; Mass spectrometry
Štítky
Změněno: 6. 2. 2003 16:08, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.
V originále
Gramnegativní bakterie Paracoccus denitrificans se vyznačuje značnou adaptovatelností na růstové podmínky: je schopna existence za podmínek aerobních či anaerobních, přičemž jako terminální akceptory může sloužit mnoho substrátů: kromě kyslíku také NO3-, NO2- či plynný N2O. Změna v expresi proteinů při přechodu z aerobních podmínek na anaerobní zřejmě souvisí s regulačními proteiny citlivými k azidu. Pro sledování všech těchto změn expresního profilu se jeví jako velice perspektivní soubor proteomických metod. Pro komplexní analýzu proteinového složení P. denitrificans byla nově zavedena metodika vysokorozlišovací dvourozměrné elektroforézy (2-DE) s imobilizovanými pH gradienty v prvním rozměru, a to jak v analytickém, tak i mikropreparativním uspořádání. Pro analýzu celobuněčného proteomu jsme vyvinuli postup přípravy vzorků a optimalizovali protokol pro jejich analýzu dvourozměrnou elektroforézou. Tento protokol může být použit např. pro srovnání změn expresního profilu vyvolaných různými terminálními akceptory. Pro metodicky velmi komplikovanou 2-DE analýzu membránových proteinů, které jsou však často funkčně důležitější, jsme srovnávali různé solubilizační postupy, přičemž byly využity v současné době nejúčinnější typy zwitteriontových detergentů. Kromě nejvhodnějšího složení vzorkového pufru zahrnuje optimalizovaný protokol také speciální pufrový systém pro SDS-PAGE. 2-DE gely získané tímto postupem byly dále srovnány s gely získanými z téhož vzorku pomocí dříve používané varianty 2-DE s nosnými amfolyty. Vypracovaným protokolem jsme sledovali vliv anaerobiosy na změny proteinového složení membrány bakterie P.denitrificans, přičemž některé z význačných proteinů na proteinové mapě již byly analyzovány MALDI-TOF hmotnostní spektrometrií a úspěšně identifikovány.
Anglicky
Gramnegative bacterium Paracoccus denitrificans is able to grow under broad variety of conditions. Adaptation to altered conditions strongly depends on changes in expression of metabolically active proteins. For study on changes of protein levels in whole-cell extract as well as in bacterial membrane of Paracoccus denitrificans, we have developed methods based on two-dimensional electrophoresis with immobilised pH gradients. Optimization of critical points of both protocols is demonstrated. We have compared effect of anaerobiosis on protein composition of bacterial membrane using optimized method. Several proteins on protein maps were sucessfully identified using MALDI-TOF mass spectrometry.
Návaznosti
| GA203/01/1589, projekt VaV |
|