Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812

EYER, Luděk, Hana KONEČNÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Jan PREISLER, Roman PANTŮČEK and Jiří DOŠKAŘ. Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812 (Proteome analysis of the polyvalent bacteriophage 812). In VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník abstraktů. 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, p. 45-46. ISBN 80-210-3321-5.

Basic information

• Original name: Analýza proteomu polyvalentního bakteriofága 812
• Name (in English): Proteome analysis of the polyvalent bacteriophage 812
• Authors: EYER, Luděk (203 Czech Republic), Hana KONEČNÁ (203 Czech Republic), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic), Jan PREISLER (203 Czech Republic), Roman PANTŮČEK (203 Czech Republic) and Jiří DOŠKAŘ (203 Czech Republic, guarantor).
• Edition: 1. vydání. Brno, VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník abstraktů, p. 45-46, 2 pp. 2004.
• Publisher: Masarykova univerzita v Brně

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: URL
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/04:00009921
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 80-210-3321-5
• Keywords in English: bacteriophage proteomics; MALDI-TOF; therapeutic bacteriphage; Staphylococcus bacteriophage
• Tags: bacteriophage proteomics, MALDI-TOF, Staphylococcus bacteriophage, therapeutic bacteriphage

Abstract

Bakteriofág 812 je polyvalentní stafylokokový fág, lyzující široké spektrum druhů rodu Staphylococcus, převážně pak kmeny druhu S. aureus. Pro své lytické vlastnosti je vhodným kandidátem pro fágovou terapii, při níž jsou bakteriofágy využívány pro léčbu stafylokokových infekcí, převážně těch, které jsou vyvolány kmeny rezistentními k antibiotikům. V této práci se zaměřujeme na analýzu fágového proteomu, a to především na strukturní a lytické proteiny, které mají vztah k rozmezí hostitele. Fág 812 byl pomnožen na kmeni S. aureus SA812, purifikován ultracentrifugací v gradientu CsCl a dialyzován proti vodě. DNA uvolněná z fágových částic byla odstraněna DNázou I. Fágové proteiny byly denaturovány krátkodobým povařením s pufrem obsahujícím SDS a DTT a analyzovány jednorozměrnou elektroforézou na polyakrylamidovém gelu. Po obarvení gelu pomocí Coomassie brilliant blue a stříbra jsme nalezli 6 výrazných pruhů, které jsme vyřízli z gelu, podrobili štěpení trypsinem na specifické peptidy a dále analyzovali hmotnostní spektrometrií. Naměřené údaje byly porovnávány s aminokyselinovou sekvencí, kterou jsme získali přepisem známých sekvencí DNA fága 812. Technikou MALDI (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionisation) jsme prozatím identifikovali dva strukturní proteiny - hlavní kapsidový a hlavní bičíkový protein. Snažíme se dále nalézt rozdíly v proteomu příbuzných fágů SK311 a U16 a zjistit, jak tyto rozdíly souvisejí s jejich odlišným hostitelským rozmezím.

Abstract (in English)

Virulent and polyvalent staphylophage 812, a member of Myoviridae family, exhibits strong lytic activity on a broad host range of Staphylococcus species, thus being a suitable candidate for treatment of staphylococcal infections. Genome of this phage is represented by linear 145 kb dsDNA. Our study was focused on genome and proteome comparison of 812 wild-type phage, its host-range mutants and related phages U16, 131 and SK311 with the aim to explain molecular basis of differences in their host-range. Comparison of the phage genomes revealed several rearrangements of DNA sequences as well as single nucleotide substitutions in different parts of the genomes. Nucleotide insertions and deletions of various size (~1 to 3 kb) were most frequently found in non-coding terminal genomic regions in phages with different host range. We tried to find possible correlations between mutational changes on DNA and proteome composition of the phages. After SDS-PAGE separation of phage virions digests 15 protein bands with the mass ranging from 15 to 80 kDa were identified. Twelve bands were excised for further analysis by in-gel digestion with consecutive MALDI-TOF MS.

Links

• GA203/03/0515, research and development project: Name: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů kombinací elektroforézy a hmotnostní spektrometrie

Investor: Czech Science Foundation, Integrated genome and proteome analysis of therapeutically important bacteriophages by combination of electrophoresis and mass spectrometry

• MSM 143100008, plan (intention): Name: Genomy a jejich funkce

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Genomes and their functions