D 2004

Towards a Fully Automated Tissue Cell Segmentation Method

SVOBODA, David

Základní údaje

Originální název

Towards a Fully Automated Tissue Cell Segmentation Method

Název česky

Směrem k plně automatizované metodě segmentace tkání

Autoři

SVOBODA, David (203 Česká republika, garant)

Vydání

Anaheim, Calgary, Zurich, Visualization, Imaging, and Image Processing, od s. 430-434, 5 s. 2004

Nakladatel

ACTA Press

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Španělsko

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Kód RIV

RIV/00216224:14330/04:00010272

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

ISBN

0-88986-454-3

UT WoS

000228556600075

Klíčová slova anglicky

Biomedical image segmentation; Adaptive thresholding; Gradient based thresholding; Region labeling

Štítky

Změněno: 22. 1. 2008 08:16, doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

In this paper, an automatic method for tissue cell localization is proposed. It is based on the principle of adaptive thresholding. While the general adaptive thresholding method requires setting of some parameters by user, a novel algorithm chooses suitable thresholds and image division on its own. The resulting binary image is then submitted to a region labeling procedure. Each individual region is inspected and tested for suitability for further processing. Finally, each region is marked by one marker. Feasibility of this approach has already been successfully tested on 3D colon tissue images.

Česky

V tomto článku je navržena plně automatizovaná metoda sloužící k lokalizaci buněk ve snímcích tkání. Metoda je založena na principu adaptivního prahování. Zatímco obecná metoda adaptivního prahování vyžaduje ke svému spuštění určitý počet vstupů, nová metoda je schopna tyto si parametry vhodně nastavit sama. Po odprahování výsledný binární obraz podléhá algoritmu "region labeling". Následně je každá nalezená buňka v obraze prověřena a otestována, zda je vůbec vhodná pro zařazení k dalším výpočtům. Na závěr je každá buňka opatřena značkou, která identifikuje polohu této buňky v rámci celého snímku tkáně. Vhodnost této metody již byla úspěšně prověřena na 3D snímcích tkání tlustého střeva.

Návaznosti

IAA5004306, projekt VaV
Název: Struktura lidského genomu
Investor: Akademie věd ČR, Struktura lidského genomu
IBS5004010, projekt VaV
Název: Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii
Investor: Akademie věd ČR, Vývoj nových diagnostických technik pro onkologii
MSM 143300002, záměr
Název: Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití počítačové analýzy obrazu v optické mikroskopii