2004
Fast Marching 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes
MATULA, Pavel; Jan HUBENÝ and Michal KOZUBEKBasic information
Original name
Fast Marching 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes
Name in Czech
Rychle postupující 3D rekonstrukce chromozomů v interfázi
Authors
MATULA, Pavel; Jan HUBENÝ and Michal KOZUBEK
Edition
Berlin, Computer Vision and Mathematical Methods in Medical and Biomedical Image Analysis, p. 385-394, 10 pp. 2004
Publisher
Springer-Verlag
Other information
Language
English
Type of outcome
Proceedings paper
Field of Study
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher
Germany
Confidentiality degree
is not subject to a state or trade secret
RIV identification code
RIV/00216224:14330/04:00010340
Organization unit
Faculty of Informatics
ISBN
3-540-22675-3
UT WoS
000224372600033
Keywords in English
fast marching method; deformable models; 3D object reconstruction; biomedical application; interphase chromosome
Tags
Tags
International impact, Reviewed
Changed: 7/5/2010 15:45, prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.
In the original language
Reliable 3D reconstruction of interphase chromosomes imaged using confocal microscopy is an important task in cell biology. Computer model of chromosome territories enables performing necessary measurements and consequently making morphological studies. A large number of processed objects is necessary to ensure statistical significance of the results. Therefore an automated procedure is needed. We have developed a successful algorithm for 3D reconstruction of chromosome territories on the basis of well-known fast marching algorithm. The fast marching algorithm solves front evolution problem similarly to deformable models but in an effective way with the time complexity O(n log n).
In Czech
Spolehlivá 3D rekonstrukce chromozomů v interfázi s využitím konfokální mikroskopie je důležitý úkol buněčné biologie. Počítačový model chromozomové oblasti umožňuje provádět nezbytná měření a provádění morfologických studií. Pro zajištění statistické hodnověrnosti výsledků je nutné provádět měření na velkém množství objektů. Proto je požadován automatický postup. V článku je prezentován algoritmus založený na známé rychle pochodující (Fast Marching) metodě na 3D rekonstrukci chromozomálních oblestí. Fast marching algoritmus řeší problém pohybu rozhraní, podobně jako deformabilní modely, ale v efektivním čase O(n log n).
Links
| GP204/03/D034, research and development project |
| ||
| MSM 143300002, plan (intention) |
|