Další formáty:
BibTeX
LaTeX
RIS
@article{558804,
author = {Doškař, Jiří and Pantůček, Roman and Růžičková, Vladislava and Kašpárek, Petr and Eyer, Luděk and Konečná, Hana and Zdráhal, Zbyněk and Preisler, Jan},
article_location = {Praha},
article_number = {Suppl. 3A},
keywords = {bacteriophages; genomics; bioinformatics},
language = {cze},
issn = {0009-0646},
journal = {Bulletin Československé společnosti mikrobiologické},
title = {Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů},
volume = {45},
year = {2004}
}
TY - JOUR
ID - 558804
AU - Doškař, Jiří - Pantůček, Roman - Růžičková, Vladislava - Kašpárek, Petr - Eyer, Luděk - Konečná, Hana - Zdráhal, Zbyněk - Preisler, Jan
PY - 2004
TI - Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů
JF - Bulletin Československé společnosti mikrobiologické
VL - 45
IS - Suppl. 3A
SP - 152
EP - 152
PB - ČSSM
SN - 00090646
KW - bacteriophages
KW - genomics
KW - bioinformatics
N2 - Virulentní a polyvalentní stafylofágy z čeledi Myoviridae se vyznačují širokým rozmezím hostitelů, které pokrývá řadu druhů rodu Staphylococcus a jsou proto vhodnými kandidáty pro alternativní léčbu stafylokokových infekcí. Genom těchto fágů je tvořen lineární dsDNA o velikosti zhruba 145 kb. Cílem práce bylo srovnání genomu a proteomu fága 812, jeho mutant v rozmezí hostitele a příbuzných fágů U16, 131 a SK311 a objasnění molekulárního základu rozdílů jejich odlišného rozmezí hostitelů. Genomy studovaných fágů byly nejdříve srovnány restrikční analýzou DNA a oblasti, které vykázály vzájemné rozdíly, byly pak studovány detailně. Analýza proteomu byla provedena jednorozměrnou SDS-PAGE s následnou identifikací proteinů peptidovým mapováním pomocí MALDI-TOF hmotnostní spekrometrií. Srovnání fágových genomů odhalilo četné přestavby sekvencí DNA a nukleotidové substituce lokalizované v různých oblastech. Inzerce a delece o velikostí několika kilobází byly zjištěny zejména v nekódujících koncových oblastech genomové DNA. Tyto rozdíly ve struktuře genomu jsme se pokusili korelovat se složením fágových proteomů. Po separaci fágových proteinů SDS-PAGE bylo identifikováno celkem 15 proteinů o velikosti 15 až 80 kDa. Dvanáct pruhů bylo z gelu vyříznuto pro následnou analýzu hmotnostní spektrometrií. Peptidovým mapováním byly identifikovány tři proteiny: 812_mtsp (64.4 kDa), 812_mcp (51.2 kDa) and 812_ORF8 (15.9 kDa). Dva z těchto proteinů byly určeny jako hlavní kapsidový protein a hlavní protein bičíkové pochvy. Oba tyto proteiny vykázaly vysoký stupeň podobnosti s analogickými proteiny dalších stafylokokových fágů TWORT a K a dále s proteiny fága A511 Listeria monocytogenes. Elektroforetická analýza prokázala rozdíly ve velikosti proteinů bičíkové pochvy u fágů 812, SK311 and U16, které se vzájemně liší svým rozmezím hostitele. Získané výsledky naznačují, že rozdíly v rozmezí hostitele polyvalentních stafylokových bakteriofágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
ER -
DOŠKAŘ, Jiří, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr KAŠPÁREK, Luděk EYER, Hana KONEČNÁ, Zbyněk ZDRÁHAL a Jan PREISLER. Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů. \textit{Bulletin Československé společnosti mikrobiologické}. Praha: ČSSM, 2004, roč.~45, Suppl. 3A, s.~152. ISSN~0009-0646.
|
