2004
Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů
DOŠKAŘ, Jiří, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr KAŠPÁREK, Luděk EYER et. al.Základní údaje
Originální název
Srovnávací analýza genomu a proteomu polyvalentních stafylofágů
Název anglicky
Comparative genomics and proteomics of polyvalent staphylococcal bacteriophages
Autoři
DOŠKAŘ, Jiří (203 Česká republika, garant), Roman PANTŮČEK (203 Česká republika), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Česká republika), Petr KAŠPÁREK (203 Česká republika), Luděk EYER (203 Česká republika), Hana KONEČNÁ (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Jan PREISLER (203 Česká republika)
Vydání
Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, Praha, ČSSM, 2004, 0009-0646
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00011591
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
bacteriophages; genomics; bioinformatics
Štítky
Změněno: 3. 3. 2006 15:12, prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D.
V originále
Virulentní a polyvalentní stafylofágy z čeledi Myoviridae se vyznačují širokým rozmezím hostitelů, které pokrývá řadu druhů rodu Staphylococcus a jsou proto vhodnými kandidáty pro alternativní léčbu stafylokokových infekcí. Genom těchto fágů je tvořen lineární dsDNA o velikosti zhruba 145 kb. Cílem práce bylo srovnání genomu a proteomu fága 812, jeho mutant v rozmezí hostitele a příbuzných fágů U16, 131 a SK311 a objasnění molekulárního základu rozdílů jejich odlišného rozmezí hostitelů. Genomy studovaných fágů byly nejdříve srovnány restrikční analýzou DNA a oblasti, které vykázály vzájemné rozdíly, byly pak studovány detailně. Analýza proteomu byla provedena jednorozměrnou SDS-PAGE s následnou identifikací proteinů peptidovým mapováním pomocí MALDI-TOF hmotnostní spekrometrií. Srovnání fágových genomů odhalilo četné přestavby sekvencí DNA a nukleotidové substituce lokalizované v různých oblastech. Inzerce a delece o velikostí několika kilobází byly zjištěny zejména v nekódujících koncových oblastech genomové DNA. Tyto rozdíly ve struktuře genomu jsme se pokusili korelovat se složením fágových proteomů. Po separaci fágových proteinů SDS-PAGE bylo identifikováno celkem 15 proteinů o velikosti 15 až 80 kDa. Dvanáct pruhů bylo z gelu vyříznuto pro následnou analýzu hmotnostní spektrometrií. Peptidovým mapováním byly identifikovány tři proteiny: 812_mtsp (64.4 kDa), 812_mcp (51.2 kDa) and 812_ORF8 (15.9 kDa). Dva z těchto proteinů byly určeny jako hlavní kapsidový protein a hlavní protein bičíkové pochvy. Oba tyto proteiny vykázaly vysoký stupeň podobnosti s analogickými proteiny dalších stafylokokových fágů TWORT a K a dále s proteiny fága A511 Listeria monocytogenes. Elektroforetická analýza prokázala rozdíly ve velikosti proteinů bičíkové pochvy u fágů 812, SK311 and U16, které se vzájemně liší svým rozmezím hostitele. Získané výsledky naznačují, že rozdíly v rozmezí hostitele polyvalentních stafylokových bakteriofágů mohou být podmíněny změnami ve struktuře bičíkových proteinů.
Anglicky
Virulent and polyvalent staphylophage 812, a member of Myoviridae family, exhibits strong lytic activity on a broad host range of Staphylococcus species, thus being a suitable candidate for treatment of staphylococcal infections. Genome of this phage is represented by linear 145 kb dsDNA. Our study was focused on genome and proteome comparison of 812 wild-type phage, its host-range mutants and related phages U16, 131 and SK311 with the aim to explain molecular basis of differences in their host-range. The genomes of phages under study were compared by DNA restriction analysis, and the genomic regions showing differences in individual phages were characterized in details. The proteome analysis included separation of phage protein lysates by 1D SDS-PAGE with subsequent identification of proteins by peptide mapping using MALDI-TOF mass spectrometry.
Návaznosti
| GA203/03/0515, projekt VaV |
|