2004
The InDeVal insertion/deletion evaluation tool: a program for finding target regions in DNA sequences and for aiding in sequence comparison
STONEBERG HOLT, Sierra Dawn a Jason Andrew HOLTZákladní údaje
Originální název
The InDeVal insertion/deletion evaluation tool: a program for finding target regions in DNA sequences and for aiding in sequence comparison
Název česky
Program InDeVal pro evaluaci insercí a delecí: program pro vyhledávání zájmových oblastí v sekvenci DNA a pro srovnávání různých sekvencí
Autoři
STONEBERG HOLT, Sierra Dawn (840 Spojené státy, garant) a Jason Andrew HOLT (840 Spojené státy)
Vydání
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2004, 1471-2105
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 5.423
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00010411
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000226617000001
Klíčová slova anglicky
deletion; DNA target regions; indel; insertion; Poaceae; software; trnL intron
Štítky
Změněno: 15. 2. 2005 15:28, Mgr. Sierra Dawn Stoneberg Holt, Ph.D.
V originále
Background The program InDeVal was originally developed to help researchers find known regions of insertion/deletion activity (with the exception of isolated single-base indels) in newly determined Poaceae trnL-F sequences and compare them with 533 previously determined sequences. It is supplied with input files designed for this purpose. More broadly, the program is applicable for finding specific target regions (referred to as "variable regions") in DNA sequence. A variable region is any specific sequence fragment of interest, such as an indel region, a codon or codons, or sequence coding for a particular RNA secondary structure. Implementation InDeVal input is DNA sequence and a template file (sequence flanking each variable region). Additional files contain the variable regions and user-defined messages about the sequence found within them (e.g., taxa sharing each of the different indel patterns). Variable regions are found by determining the position of flanking sequence (referred to as "conserved regions") using the LPAM (Length-Preserving Alignment Method) algorithm. This algorithm was designed for InDeVal and is described here for the first time. InDeVal output is an interactive display of the analyzed sequence, broken into user-defined units. Once the user is satisfied with the organization of the display, the information can be exported to an annotated text file. Conclusions InDeVal can find multiple variable regions simultaneously (28 indel regions in the Poaceae trnL-F files) and display user-selected messages specific to the sequence variants found. InDeVal output is designed to facilitate comparison between the analyzed sequence and previously evaluated sequence. The program's sensitivity to different levels of nucleotide and/or length variation in conserved regions can be adjusted. InDeVal is currently available for Windows in Additional file 1 or from http://www.sci.muni.cz/botany/elzdroje/indeval/.
Česky
Program InDeVal byl původně navržený k vyhledávání známých oblastí délkových mutací (s výjimkou izolovaných jednobázových indelů) v rámci nových sekvencí úseku trnL-F zástupců čeledi Poaceae a k jejímu srovnání s 533 již známými sekvencemi. Obecně dokáže program najít konkrétní cílová místa (označená jako "variabilní oblasti") v DNA sekvenci. Variabilní oblast je jakýkoli zájmový region, např. oblast délkových mutací, určitý kodon či kodony, nebo sekvence, která kóduje určitou sekundární RNA strukturu. Vstupními daty pro InDeVal jsou DNA sekvence a soubor s templáty (sekvence ohraničující variabilní oblast), soubory obsahují variabilní oblasti a jejich charakteristiky definované uživatelem (např. všechny taxony, které mají daný indel). Variabilní oblasti jsou vyhledány pomocí detekce templátů algoritmem LPAM. Tento algoritmus byl vytvořen pro InDeVal a je zde poprvé zveřejněn. Výstup z programu InDeVal je interaktivní displej studované sekvence, rozdělený po úsecích stanovených uživatelem. Informace může být exportována do textového souboru. Citlivost programu k různým úrovním bodových a délkových mutací v konservativních oblastech je nastavitelná. InDeVal je k dispozici pro platformu Microsoft Windows z webové adresy http://www.sci.muni.cz/botany/elzdroje/indeval/.
Návaznosti
| MSM 143100010, záměr |
|