2004
Genomic and proteomic characterization of the polyvalent staphylophage 812
DOŠKAŘ, Jiří, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ, Petr KAŠPÁREK, Luděk EYER et. al.Základní údaje
Originální název
Genomic and proteomic characterization of the polyvalent staphylophage 812
Název česky
Charakterizace genomu a proteomu polyvalentního fága 812
Autoři
DOŠKAŘ, Jiří (203 Česká republika, garant), Roman PANTŮČEK (203 Česká republika), Vladislava RŮŽIČKOVÁ (203 Česká republika), Petr KAŠPÁREK (203 Česká republika), Luděk EYER (203 Česká republika), Hana KONEČNÁ (203 Česká republika), Zbyněk ZDRÁHAL (203 Česká republika) a Jan PREISLER (203 Česká republika)
Vydání
Charleston, South Carolina, USA, 11th International Symposium on Staphylococci & Staphylococcal Infections. Plenary Summaries & Poster Abstracts, s. 201-201, 2004
Nakladatel
Medical University of South Carolina
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Spojené státy
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00010413
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
staphylococcus; bacteriophage
Štítky
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 31. 10. 2008 15:02, prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D.
V originále
Virulent and polyvalent staphylophage 812, a member of Myoviridae family, exhibits strong lytic activity on a broad host range of Staphylococcus species, thus being a suitable candidate for treatment of staphylococcal infections. Genome of this phage is represented by linear 145 kb dsDNA. Our study was focused on genome and proteome comparison of 812 wild-type phage, its host-range mutants and related phages U16, 131 and SK311 with the aim to explain molecular basis of differences in their host-range. The genomes of phages under study were compared by DNA restriction analysis, and the genomic regions showing differences in individual phages were characterized in details. The proteome analysis included separation of phage protein lysates by 1D SDS-PAGE with subsequent identification of proteins by peptide mapping using MALDI-TOF mass spectrometry. Comparison of the phage genomes revealed several rearrangements of DNA sequences as well as single nucleotide substitutions in different parts of the genomes. Nucleotide insertions and deletions of various size (~1 to 3 kb) were most frequently found in non-coding terminal genomic regions in phages with different host range. We tried to find possible correlations between mutational changes on DNA and proteome composition of the phages. After SDS-PAGE separation of phage virions digests 15 protein bands with the mass ranging from 15 to 80 kDa were identified. Twelve bands were excised for further analysis by in-gel digestion with consecutive MALDI-TOF MS. Three of the proteins designated 812_mtsp (64.4 kDa), 812_mcp (51.2 kDa) and 812_ORF8 (15.9 kDa) were identified by peptide mapping. Two of them were determined as the major capsid protein and the major tail sheath protein, respectively. Both the proteins show high similarity with the corresponding proteins of the staphylococcal polyvalent phages TWORT and K as well as those of Listeria monocytogenes phage A511. SDS-PAGE revealed size differences of the tail sheat proteins in phages 812, SK311 and U16 which substantially differ in their host range. Thus, the structural changes of tail sheat proteins should be considered as a factor influencing the host range of polyvalent staphylophages.
Česky
Bakteriofág 812, zástupce čeledi Myoviridae, je virulentní polyvalentní fág s �irokým rozmezím hostitelů, zahrnujícím kmeny a druhy rodu Staphylococcus. Tyto vlastnosti jej činí vhodným kandidátem pro fágovou terapii stafylokokových infekcí. Tato práce byla zaměřena na srovnání genomu a proteomu standardního typu fága 812, jeho mutant v rozmezí hostitele a příbuzných fágů U16, SK311, 131 a Twort s cílem objastnit molekulární základ jejich rozdílného hostitelského rozmezí. Genomy uvedených fágů tvořené lineární dvouřetězcovou DNA o velikosti 145 kb byly srovnávány pomocí restrikční analýzy. Úseky vykazující u jednotlivých fágů rozdíly byly pak charakterizovány detailně. Pro účely proteomických studií byla pou�ita 1-D SDS-PAGE. Nalezené proteiny byly identifikovány metodou peptidového mapování s vyu�itím MALDI-TOF hmotnostní spektrometrie. Srovnáním fágových genomů byly zji�těny vedle nukleotidových substitucí té� rozsáhlej�í přestavby sekvencí DNA. Inzerce a delece o velikosti ~1 a� 3 kb byly nalezeny převá�ně v nekódujících terminálních sekvencích DNA fágů s odli�ným rozmezím hostitele. Nalezené změny v genomové DNA byly korelovány s proteinovým slo�ením fágů. Pou�itím 1-D SDS-PAGE bylo nalezeno více ne� 20 strukturních proteinů o velikosti cca 15 � 120 kDa. Metodou peptidového mapování bylo identifikováno 7 proteinů. Dva z nich byly určeny jako hlavní kapsidový protein (51,2 kDa) a protein bičíkové pochvy (64,4 kDa), funkce ostatních identifikovaných proteinů není dosud známa. V�echny tyto proteiny vykazují vysokou sekvenční shodu s odpovídajícími proteiny polyvalentních stafylokokových fágů Twort a K a také s fágy A511 Listeria monocytogenes a LP65 Lactobacillus plantarum. Pomocí SDS-PAGE byly prokázány rozdíly v molekulové hmotnosti proteinů bičíkové pochvy fágů 812, SK311 a U16. Strukturní změny proteinů bičíkové pochvy by mohly být odpovědné za rozdílné hostitelské rozmezí polyvalentních bakteriofágů.
Návaznosti
| GA203/03/0515, projekt VaV |
| ||
| MSM 143100008, záměr |
|