2004
Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae)
STONEBERG HOLT, Sierra Dawn, Lucie HOROVÁ a Petr BUREŠZákladní údaje
Originální název
Indel patterns of the plastid DNA trnL-trnF region within the genus Poa (Poaceae)
Název česky
Indelové paterny trnL-trnF regionu plastidové DNA v rámci rodu Poa (Poaceae)
Autoři
STONEBERG HOLT, Sierra Dawn (840 Spojené státy, garant), Lucie HOROVÁ (203 Česká republika) a Petr BUREŠ (203 Česká republika)
Vydání
Journal of Plant Research, Tokyo, Springer-Verlag Tokyo, 2004, 0918-9440
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Japonsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Impakt faktor
Impact factor: 1.224
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00010417
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000224761200008
Klíčová slova anglicky
Indel patterns; infrageneric variability; Poa; Poaceae; trnL intron; trnL-trnF IGS
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 25. 6. 2009 11:20, prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D.
V originále
The use of insertion/deletion (indel) patterns from sequences of the trnL intron and trnL-F intergenic spacer (IGS) in finding plastid genome types of the genus Poa L. was studied. New sequences for 23 taxa (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) and 18 previously published sequences, which represent 11 of the 13 sections listed for Poa in Flora Europaea, were investigated. Indel patterns, despite sampling less than 0.7 % of the plastid genome, produced four taxa groupings that were congruent with the major divisions obtained in intensive, previously published restriction site studies. Insertion/deletion events in the trnL intron and trnL-trnF IGS were in nearly all cases unique to a single pattern group and thus provided almost no information about relationships among these groups. Indels did, however, provide a meaningful infrageneric classification criterion for Poa. They can serve as useful tools in studying relationships within this genus.
Česky
Pro klasifikaci skupin taxonů z rodu Poa s různými typy plastidových genomů byly použity indely (inzerce/delece) z trnL intronu a trnL-trnF mezigenového spaceru (IGS). V rámci 11 z 13 sekcí rodu Poa prezentovaných ve díle Flora Europaea bylo nově sekvencováno celkem 23 taxonů (P. alpina, P. badensis, P. bulbosa, P. crassipes, P. molinerii, P. annua, P. chaixii, P. granitica, P. pratensis, P. sibirica, P. remota, P. botryoides, P. cenisia, P. compressa, P. laxa, P. margilicola, P. media, P. nemoralis, P. palustris, P. pannonica, P. pirinica, P. riphaea, and P. sejuncta) a dále 18 sekvencí, dostupných z databáze NCBI. Sekvenční paterny indelů, zahrnující méně než 0.7 % plastidového genomu, potvrdily čtyři skupiny taxonů, již dříve vymezené na základě restrikční analýzy celé plastidové DNA. Zjištěné indely byly téměř vždy unikátní pro danou skupinu a nebylo je proto možné využít k posouzení vzájemné příbuznosti skupin. Byly však užitečné pro infragenerickou klasifikaci rodu Poa.
Návaznosti
| MSM 143100010, záměr |
|