2004
Evaluation of functional diversity of soil microbial communities - a case study
HOFMAN, Jakub, Jiří ŠVIHÁLEK a Ivan HOLOUBEKZákladní údaje
Originální název
Evaluation of functional diversity of soil microbial communities - a case study
Název česky
Hodnocení funkční diverzity půdních mikrobiálních společenstev - případová studie
Autoři
HOFMAN, Jakub (203 Česká republika, garant), Jiří ŠVIHÁLEK (203 Česká republika) a Ivan HOLOUBEK (203 Česká republika)
Vydání
Plant Soil Environment, Praha, 2004, 1214-1178
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 0.170
Kód RIV
RIV/00216224:14310/04:00010825
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
UT WoS
000221095900001
Klíčová slova anglicky
BIOLOG; soil microorganisms; soil monitoring; functional diversity
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 30. 3. 2010 22:41, prof. RNDr. Jakub Hofman, Ph.D.
V originále
In our case study, we measured the functional diversity of the microbial communities of twelve soils from the small natural area to assess if this assay is suitable for routine monitoring of soil biological quality. We found the BIOLOG assay meets especially practical benefits in routine monitoring of soils being simple and quick assay. However, we confirmed the ambiguity about the most appropriate analysis of the BIOLOG multivariate data and about the best parameter, which can be derived from the assay. The different analyses of the data were examined and various parameters derived from the BIOLOG assay were comparatively used to contribute to the discussion of how the data should be evaluated. We showed that not-normalized raw absorbances or trapezoid areas should be used for calculation of diversity index if the inoculum was standardized. There was no single answer to what parameter provided more correct results in the multivariate statistical analysis. Evaluating at least one not-normalized (e.g. trapezoid area) and one normalized parameter (e.g. absorbances read in fixed AWCD) was strongly suggested keeping in mind that they reveal different information.
Česky
V této případové studii jsme měřili funkční diverzitu půdních mikrobiálních společenstev dvanácti půd z malé přírodní oblasti s cílem posoudit vhodnost použití tohoto přístupu pro rutinní monitoring půdní biologické kvality. Shledali jsme, že metoda BIOLOG splňuje zejména praktické výhody pro rutinní monitoring půd, protože je rychlá a jednoduchá. Na druhou stranu jsme potvrdili nejednoznačnost kolem nejvhodnější analýzy vícerozměrných dat z použité metody. Také výběr nejlepšího parametru metody je problematický. Abychom přispěli k diskusi, jak mají být data z metody BIOLOG hodnocena, použili jsme pro srovnání různé parametry a způsoby jejich vyhodnocení. Ukázalo se, že pokud bylo inokulum standardizováno, měly by být pro výpočet indexu diverzity použity nenormalizované absorbance či trapezoid areas. Co se týká vícerozměrných statistických analýz, nelze jednoznačně určit, který parametr je korektnější. Bylo doporučeno hodnocení alespoň jednoho nenormalizovaného (např. trapezoid area) a jednoho normalizovaného (např. absorbance měřená při daném AWCD) parametru s tím, že je nutno mít na paměti, že přináší jinou informaci.
Návaznosti
| MSM 141100003, záměr |
|