Štúdium nukleových kyselín v podchladenej vode pomocou NMR metód.

MATEJKOVÁ, Michaela. Štúdium nukleových kyselín v podchladenej vode pomocou NMR metód. (NMR Study of Nucleic Acids In Supercooled Water). In Sborník abstraktů, Studentská vědecká konference v oboru chemie a biochemie. Brno: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, Chemická sekce, 2004, p. 38-38.

Basic information

• Original name: Štúdium nukleových kyselín v podchladenej vode pomocou NMR metód.
• Name in Czech: Studium nukleových kyselin v podchlazené vodě pomocí NMR metod.
• Name (in English): NMR Study of Nucleic Acids In Supercooled Water
• Authors: MATEJKOVÁ, Michaela (703 Slovakia, guarantor).
• Edition: Brno, Sborník abstraktů, Studentská vědecká konference v oboru chemie a biochemie, p. 38-38, 1 pp. 2004.
• Publisher: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, Chemická sekce

Other information

• Original language: Slovak
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14310/04:00011100
• Organization unit: Faculty of Science
• Keywords in English: NMR;DNA;structure
• Tags: DNA, NMR, structure

Abstract

Krátke DNA oligonukloetidy, tzv. hairpins zohrávajú významnú úlohu v mnohých biologických procesoch. Najzaujímavejšou črtou takýchto biomolekúl o sekvencii d(GCGNAGC) (N = A, G, C, T) je ich výnimočná stabilita, reprezentovaná vysokou teplotou topenia, zvýšenou pohyblivosťou v polyakrylamidových géloch a odolnosťou voči nukleázam. Vyriešenie ich štruktúr nám pomáha lepšie pochopiť tieto jedinečné vlastnosti. Predčasom bola vyriešená štruktúra DNA oligonukleotidu so sekvenciou d(GCGAAGC) metódami NMR spektroskopie za použitia medziprotónových vzdialeností získaných z NOESY experimentov, torzných uhlov a zvyškových dipolárnych interakčných konštánt. Cieľom tohoto projektu je nový výpočet štruktúry uvedenej molekuly, ktorý je založený na použití medziprotónových vzdialeností z NOESY experimentov, zmeraných v podchladenej vode. V takýchto podmienkach sa intramolekulárne pohyby a chemická výmena protónov aminoskupín výrazne inhibujú. Tento prístup nám, v porovnaní so štúdiami pri izbovej teplote, umožňuje získať vačší počet medziprotónových vzdialeností vymeniteľných protónov, nevyhnutných pre náasledný výpočet štruktúry molekuly.

Abstract (in Czech)

Krátke DNA oligonukloetidy, tzv. hairpins zohrávajú významnú úlohu v mnohých biologických procesoch. Najzaujímavejšou črtou takýchto biomolekúl o sekvencii d(GCGNAGC) (N = A, G, C, T) je ich výnimočná stabilita, reprezentovaná vysokou teplotou topenia, zvýšenou pohyblivosťou v polyakrylamidových géloch a odolnosťou voči nukleázam. Vyriešenie ich štruktúr nám pomáha lepšie pochopiť tieto jedinečné vlastnosti. Predčasom bola vyriešená štruktúra DNA oligonukleotidu so sekvenciou d(GCGAAGC) metódami NMR spektroskopie za použitia medziprotónových vzdialeností získaných z NOESY experimentov, torzných uhlov a zvyškových dipolárnych interakčných konštánt. Cieľom tohoto projektu je nový výpočet štruktúry uvedenej molekuly, ktorý je založený na použití medziprotónových vzdialeností z NOESY experimentov, zmeraných v podchladenej vode. V takýchto podmienkach sa intramolekulárne pohyby a chemická výmena protónov aminoskupín výrazne inhibujú. Tento prístup nám, v porovnaní so štúdiami pri izbovej teplote, umožňuje získať vačší počet medziprotónových vzdialeností vymeniteľných protónov, nevyhnutných pre náasledný výpočet štruktúry molekuly.

Abstract (in English)

Short DNA hairpins play a significant role in a number of biological processes. The most interesting feature of the oligonucleotides with a general sequence d(GCGNAGC) (N=A,G,C,T) is their extraordinary stability represented by high melting temperatures, polyacrylamide gel mobility, and resistance against nucleases. Detailed knowledge of these structures helps understand their unique behavior. One of these fragments, the d(GCGAAGC) structure has been solved previously by NMR spectroscopy using the NOE-derived distances, torsion angles, and residual dipolar couplings. The aim of the present study is a new structure calculation of d(GCGAAGC) based on NOE data measured at temperatures below 273 K when the intramolecular motions and the chemical exchange of the amino protons are inhibited. We focused here on a comparison of number of restraints derived from the NOESY spectra at 268K and 303K, paying our attention to amino and imino connectivities within a molecule.

Links

• LN00A016, research and development project: Name: BIOMOLEKULÁRNÍ CENTRUM

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Biomolecular Center