2004
Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
STROUHAL, Michal a David ŠMAJSZákladní údaje
Originální název
Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
Název česky
Restrikční mapování genomů blízce příbuzných spirochet rodu Treponema
Název anglicky
Restriction mapping of closely related spirochetes of the genus Treponema
Autoři
STROUHAL, Michal (203 Česká republika) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant)
Vydání
2004. vyd. Brno, Sborník abstraktů XIII. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2004, od s. 16 - 17, 2 s. 2004
Nakladatel
Lékařská fakulta MU
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/04:00012105
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidu; restriction mapping
Štítky
Změněno: 30. 5. 2005 15:35, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Na základě kompletní sekvence genomu T. pallidum subsp. pallidum (Fraser a kol., 1998) bylo vymezeno 81 oblastí (TPI intervaly) v rámci celého genomu T. pallidum subsp. pallidum a pro každou oblast byla navržena kombinace příslušných primerů. Každý z těchto intervalů byl amplifikován pomocí XL PCR a PCR produkty byly štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III (nebo Spe I, Xba I a Xho I). Takto získaný profil byl použit k determinaci heterologních úseků DNA jednotlivých treponemálních kmenů. Heterologní oblasti budou dále sekvenovány a charakterizovány. Velikost amplifikovaných oblastí byla mezi 1778 bp (TPI76) a 27138 bp (TPI62). Doposud byl získán restrikční profil 32 oblastí (33 % genomu) u studovaných treponemálních kmenů. Pouze u jedné z těchto oblastí (TPI48) byl zjištěn rozdíl ve velikosti amplifikovaného PCR produktu u T. paraluiscuniculi oproti zbývajícím treponemálním kmenům. Jedná se o deleci o velikosti přibližně 1 kb. Interval TPI48 je dlouhý 11460 bp a zahrnuje 10 genů (nifS-1, nifU, rpiA, tprI, tprJ, dniR a čtyři kódující oblasti o neznámé funkci). U zbývajících 31 oblastí byl nalezen pouze odlišný restrikční profil. Tyto výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny.
Anglicky
Genomes of T. pallidum subsp. pallidum and closely related treponemes were amplified using XL PCR and digested with BamH I, EcoR I a Hind III (or Spe I, Xba I a Xho I). Genetic differences were identified and discussed.
Návaznosti
| GA310/04/0021, projekt VaV |
| ||
| NI7351, projekt VaV |
|