2004
Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
ŠMAJS, David a Petra MATĚJKOVÁZákladní údaje
Originální název
Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
Název česky
Treponema pallidum susp. pallidum v postgenomické éře
Název anglicky
Treponema pallidum susp. pallidum in the postgenomic era
Autoři
ŠMAJS, David (203 Česká republika, garant) a Petra MATĚJKOVÁ (203 Česká republika)
Vydání
Bulletin Československé společnosti mikrobiologické, Praha-Bratislava, ČSSM, 2004, 0009-0646
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14110/04:00012107
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
Klíčová slova anglicky
Treponema pallidum susp. pallidum; comparative genomics; functional genomics
Změněno: 30. 5. 2005 15:46, prof. MUDr. David Šmajs, Ph.D.
V originále
Genomy blízce příbuzných patogenních treponem byly porovnány řadou metod komparativní a funkční genomiky. Genom původce syfilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (kmen Nichols a SS14), byl porovnán s genomem původce yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (kmen Samoan D a Gauthier) a s genomem spirochety nepatogenní pro člověka, Treponema paraluiscuniculi. Byly použity techniky zahrnující DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů, identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů, technika XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním PCR produktů a sekvenace genomové DNA pro verifikaci již zjištěných rozdílů a pro sekvenaci odlišných částí genomů. Technikou DNA-microarray a PCR v reálném čase byla také studována exprese treponemálních genů u zástupců jmenovaných poddruhů a druhů v průběhu experimentální infekce králíků (včetně vyšetření treponem izolovaných z kožních lézí). Technika DNA-microarray pro rychlé srovnání blízce příbuzných genomů neprokázala signifikantní rozdíly mezi genomy T. pallidum ssp. pallidum a T. pallidum ssp. pertenue, zato však identifikovala 15 oblastí, které jsou deletovány (anebo jsou sekvenčně odlišné) v genomu T. paraluiscuniculi. Identifikace DNA polymorfismů technikou oligonukleotidových DNA-čipů v genomu T. pallidum ssp. pertenue (kmen Gauthier) prokázala přítomnost 20 sekvenčně odlišných oblastí v délce od několika nukleotidů do 2 kb a dalších 231 polymorfismů. Metoda XL PCR amplifikace kompletní genomové DNA s následným restrikčním mapováním byla použita pro verifikaci rozdílů zjištěných pomocí techniky DNA čipů. Sekvenace genomové DNA byla použita pro stanovení frekvence výskytu DNA polymorfismů u T. paraluiscuniculi, kde odhalila jejich asi desetinásobně častější výskyt oproti poddruhům T. pallidum ssp. pertenue. Zjišťování úrovně genové exprese identifikovalo geny s výrazně odlišnou aktivitou u jednotlivých zástupců např. u některých tpr genů. Zjištěné rozdíly v genomové struktuře vyšetřených kmenů budou využity pro vysvětlení rozdílného patogenního potenciálu jednotlivých kmenů pro člověka a pro navržení sekvenčně-specifické DNA diagnostiky.
Anglicky
Genomes of closely related treponemes were compared using several methods of comparative and functional genomics. Genome of the causative agent of syphilis, Treponema pallidum ssp. pallidum (strain Nichols and SS14) was compared with the genome of causative agent of yaws, Treponema pallidum ssp. pertenue (strain Samoan D and Gauthier) and with the genome of non=pathogenic spirochete Treponema paraluiscuniculi.
Návaznosti
| GA310/04/0021, projekt VaV |
| ||
| NI7351, projekt VaV |
|