Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species

KŘÍŽOVÁ, Jana, Alena ŠPANOVÁ a Bohuslav RITTICH. Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species. Systematic and Applied Microbiology. 2006, roč. 29, č. 1, s. 36-44. ISSN 0723-2020.

Základní údaje

• Originální název: Evaluation of amplified ribosomal DNA restriction analysis (ARDRA) and species-specific PCR for identification of Bifidobacterium species
• Název česky: Zavedení restrikční analýzy amplifikované robozomální 16SrDNA (ARDRA) a druhově specifické PCR pro identifikaci druhů rodu Bifidobacterium
• Autoři: KŘÍŽOVÁ, Jana (203 Česká republika), Alena ŠPANOVÁ (203 Česká republika) a Bohuslav RITTICH (203 Česká republika, garant).
• Vydání: Systematic and Applied Microbiology, 2006, 0723-2020.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Německo
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 2.037
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/06:00016570
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• UT WoS: 000235393900006
• Klíčová slova anglicky: Bifidobacterium spp.; identification; PCR; ARDRA
• Štítky: ARDRA, Bifidobacterium spp., identification, PCR
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Molecular biological methods based on genus and species specific PCR and restriction analysis of two PCR amplicons using six restriction enzymes were used to differentiate among species of Bifidobacterium. Optimalised methods were applied for identification of strains collected in Culture Collection of Dairy Microorganisms. Restriction analysis of longer PCR amplicon was the most discriminative for Bifidobacterium species differentiation. Practicaly observed restriction profiles were compared and confirmed with the theoretical restriction analysis of Bifidobacterium sequences obtained from GenBank database.

Anotace česky

Molekulárně-biologické metody (rodově, druhově specifické PCR a restrikční analýza dvou PCR produktů pomocí šesti restrikčních enzymů) byly použity pro diferenciaci druhů rodu Bifidobacterium.Tyto metody byly následně aplikovány pro identifikaci CCDM kultur. Restrikční analýza delšího amplikonu vykazovala největší diskriminační potenciál a umožnila odlišení mezi příbuznými druhy. Správnost praktické restrikční analýzy byla ověřena teoretickou restrikční analýzou sekvencí získaných z databáze GenBank.

Návaznosti

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• QF3169, projekt VaV: Název: Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů baktérií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Využití postupů na bázi molekulární genetiky při získávání nových kmenů bakterií s probiotickými vlastnostmi s cílem rozšíření specifických genetických zdrojů pro výrobu funkčních potravin

• 1G46045, projekt VaV: Název: Molekulárně biologická analýza tuzemského fondu produkčních kmenů baktérií mléčného kvašení.

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Molekulárně biologická analýza tuzemského fondu produkčních kmenů bakterií mléčného kvašení