D 2004

Parallelization of the Programme CICADA

KOSINA, Aleš, Martin ČERNOHORSKÝ a Zdeněk KŘÍŽ

Základní údaje

Originální název

Parallelization of the Programme CICADA

Název česky

Paralelizace programu CICADA

Autoři

KOSINA, Aleš (203 Česká republika, garant), Martin ČERNOHORSKÝ (203 Česká republika) a Zdeněk KŘÍŽ (203 Česká republika)

Vydání

Praha, 14th Summer School on Computing Techuniques in Physics: Cluster for Computing in Physics, s. 26-28, 2004

Nakladatel

Fyzikální ústav AVČR

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Kód RIV

RIV/00216224:14310/04:00021378

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

Parallelization; Single Coordinate Driving; Conformational Analysis; Grid

Štítky

Změněno: 22. 2. 2006 14:14, Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

CICADA programme is based on SCD (Single Coordinate Driving) approach and is used for comformational analysis and molecular docing of small and middle sized molecules. CICADA programme was parallelized in Master-Slave approach. Results shows very good scalability even on small molecules with few rotable bonds. Programme can solve larger problems than its sequential predecessor.

Česky

Program CICADA je postaven na SCD (Single Coordinate Driving) přístupu a je používán pro konformační analýzu malých a středních molekula a pro molekulární docking. Program CICADA byl paralelizován pomocí Master-Slave přístupu. Výsledky ukazují velmi dobrou škálovatelnost i na malých molekulách a několika málo rotovatelnými torzemi. Program může řešit ulohy většího rozsahu než dokázala sekvenční verze.

Návaznosti

MSM 143100005, záměr
Název: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu