CGH microarrays: detekcia

D 2005

CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme

BUDINSKÁ, Eva, Jiří JARKOVSKÝ a Ladislav DUŠEK

Základní údaje

Originální název

CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme

Název česky

CGH microarraye: detekce zlomů v genomu.

Název anglicky

arrayCGH : detection of breakpoints in the genome.

Autoři

BUDINSKÁ, Eva, Jiří JARKOVSKÝ a Ladislav DUŠEK

Vydání

Brno, Sborník abstraktů konference se zahraniční účastí. Analytická cytometrie III. od s. 103-104, 2 s. 2005

Nakladatel

Česká společnosti pro analytickou cytologii

Další údaje

Jazyk

slovenština

Typ výsledku

Stať ve sborníku

Obor

10103 Statistics and probability

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

ISBN

80-239-5155-6

Klíčová slova anglicky

CGH; microarrays; breakpoint detection

Štítky

breakpoint detection, CGH, microarrays

Změněno: 30. 4. 2006 12:59, Mgr. Eva Budinská, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ EN

V originále

CGH microarrays je pomerne nová, v súčasnosti široko uplatňovaná technológia analýzy genómu. Pomocou nej sa odhaľujú zmeny v počte kópií génov alebo chromozómov (tzv. copy number changes), prípadne iné chromozómové prestavby, teda sa analyzuje priamo DNA. Základnou využívanou metódou porovnávania je komparatívna genómová hybridizácia (CGH). Keďže zmeny v počte kópií génov (napr. u nádorov) zasahujú väčšinou širšie oblasti DNA, môžeme očakávať, že jednotlivé zmeny budú aj graficky viditeľné v podobe segmentov. Časti, ktoré tieto segmenty oddeľujú sa nazývajú zlomy a úlohou väčšiny štatistických metód pre analýzu CGH arrayí je tieto zlomy čo najpresnejšie detekovať. Časti, ktoré tieto segmenty oddeľujú sa nazývajú zlomy a úlohou väčšiny metód je tieto zlomy čo najpresnejšie detekovať. Gény, ktoré tieto segmenty tvoria spolu susedia, teda sú priestorovo závislé. Túto priestorovú informáciu je výhodné pri hľadaní chromozómových aberácií využiť, pretože redukuje šum a zvyšuje dôveryhodnosť detekovaných zmien. Metódy ktoré túto informáciu využívajú sa teda odlišujú od klasických techník využívaných pri analýze expresných microarrays.

Česky

Neznámý popis výsledku

Anglicky

Unknown description

Návaznosti

1ET208120511, projekt VaV

Název: Implementace a validace robustního znalostního analytického systému UIRON pro oblast onkologie

Investor: Akademie věd ČR, Implementace a validace robustního analytického systému UIRON pro oblast onkologie

Citovat

BUDINSKÁ, Eva, Jiří JARKOVSKÝ a Ladislav DUŠEK. CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme. In Sborník abstraktů konference se zahraniční účastí. Analytická cytometrie III. Brno: Česká společnosti pro analytickou cytologii, 2005, s. 103-104. ISBN 80-239-5155-6.

@inproceedings{584102,
   author = {Budinská, Eva and Jarkovský, Jiří and Dušek, Ladislav},
   address = {Brno},
   booktitle = {Sborník abstraktů konference se zahraniční účastí. Analytická cytometrie III.},
   keywords = {CGH; microarrays; breakpoint detection},
   language = {sla},
   location = {Brno},
   isbn = {80-239-5155-6},
   pages = {103-104},
   publisher = {Česká společnosti pro analytickou cytologii},
   title = {CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme},
   year = {2005}
}

TY  - JOUR
ID  - 584102
AU  - Budinská, Eva - Jarkovský, Jiří - Dušek, Ladislav
PY  - 2005
TI  - CGH microarrays: detekcia "zlomov" v genóme
PB  - Česká společnosti pro analytickou cytologii
CY  - Brno
SN  - 8023951556
KW  - CGH
KW  - microarrays
KW  - breakpoint detection
N2  - CGH microarrays je pomerne nová, v súčasnosti široko uplatňovaná technológia analýzy genómu. Pomocou nej sa odhaľujú zmeny v počte kópií génov alebo chromozómov (tzv. copy number changes), prípadne iné chromozómové prestavby, teda sa analyzuje priamo DNA. Základnou využívanou metódou porovnávania je komparatívna genómová hybridizácia (CGH). Keďže zmeny v počte kópií génov (napr. u nádorov) zasahujú väčšinou širšie oblasti DNA, môžeme očakávať, že jednotlivé zmeny budú aj graficky viditeľné v podobe segmentov. Časti, ktoré tieto segmenty oddeľujú sa nazývajú zlomy a úlohou väčšiny štatistických metód pre analýzu CGH arrayí je tieto zlomy čo najpresnejšie detekovať. Časti, ktoré tieto segmenty oddeľujú sa nazývajú zlomy a úlohou väčšiny metód je tieto zlomy čo najpresnejšie detekovať. Gény, ktoré tieto segmenty tvoria spolu susedia, teda sú priestorovo závislé. Túto priestorovú informáciu je výhodné pri hľadaní chromozómových aberácií využiť, pretože redukuje šum a zvyšuje dôveryhodnosť detekovaných zmien. Metódy ktoré túto informáciu využívajú sa teda odlišujú od klasických techník využívaných pri analýze expresných microarrays.
ER  -

BUDINSKÁ, Eva, Jiří JARKOVSKÝ a Ladislav DUŠEK. CGH microarrays: detekcia ''zlomov'' v genóme. In \textit{Sborník abstraktů konference se zahraniční účastí. Analytická cytometrie III.}. Brno: Česká společnosti pro analytickou cytologii, 2005, s.~103-104. ISBN~80-239-5155-6.

Podrobný výpis o publikaci