2005
Dynamics of Protein-Pheromone Interactions:Temperature Dependent Spectral Density Mapping and Molecular Dynamics Simulations.
SKLENÁŘ, VladimírZákladní údaje
Originální název
Dynamics of Protein-Pheromone Interactions:Temperature Dependent Spectral Density Mapping and Molecular Dynamics Simulations.
Název česky
Dynamika protein-feromonových interakcí: Teplotně závislé mapování spektrálních funkcí hustoty
Autoři
SKLENÁŘ, Vladimír (203 Česká republika, garant)
Vydání
Berlín, SRN, Magnetic Resonance in Physics, Chemistry, Biology, and Medicine, s. 14-14, 2005
Nakladatel
Max-Planck-Institut für Polymerforschung
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Německo
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV
RIV/00216224:14310/05:00014146
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
NMR; relaxation; spectral density; dynamics; MUP-I; pheromone interactions
Štítky
Změněno: 20. 6. 2008 12:55, prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
V originále
Binding of mouse pheromones to major urinary proteins (MUPs) represents a typical example of interactions between lipocalins and their small hydrophobic ligands. Previously, we observed that the backbone flexibility of MUP-I increased slightly upon pheromone binding, in contrast to the decreased flexibility expected for induced-fit interactions. To shed the light on this unusual observation, we have performed an independent study adopting different methodology. Backbone dynamics of mouse major urinary protein I (MUP-I) was studied by 15N NMR relaxation at multiple temperatures for a complex of MUP-I with its natural pheromonal ligand, 2-sec-4,5-dihydrothiazole, and for the free protein. Graphical analysis of the reduced spectral density values provided an unbiased qualitative picture of the internal motions. Quantitative parameters were obtained using a novel method of simultaneous data fitting at multiple temperatures to several models of different complexity. The relaxation data were complemented by the molecular dynamics simulations. Comparison of the experimental and simulated order parameters and the information about slow conformational exchanges provided a picture of the molecular motions and offered an explanation for the observed difference in the dynamics of the free and bound MUP-I.
Česky
Vazba myších feromonů na myší protein (MUP-I) je typickým příkladem interakce mezi lipokaliny a malými hydrofóbními ligandy. Již dříve jsme pozorovali, že flexibilita proteinové páteře MUP-I nepatrně vzrostla po vazbě feromonu, neočekávaně ve srovnání se snížením flexibilty předpokládaným pro tento typ interakce. pro osvětlení toho jevu jsem studovali uvedený systém s použitím N-15 relaxačních NMR studií při několika teplotách pro komplex MUP-I s jeho přirozeným feromonem 2 -sec-4,5-dihydrothiazolem a volný protein. Grafická analýza redukovaných funkcí spektrální hustostoty poskytla nezávislý obraz interní pohyblivosti. Kvantitativní parametry byly získány pomocí kového způsoby analýzy simultáním fitování dat při běkolika teplotách a s použitím různých pohybových modelů. experimentální data byla doplněna výsledky simulací pomocí moelkulové dynamiky. Srovnání dat poskytlo obraz o molekulárních pohybech a vyslětlení rozdílů pozorovaných mezi volným a vázaným proteinem.
Návaznosti
| MSM0021622413, záměr |
|