Studium genové exprese u T. pallidum.

MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, S.J. NORRIS a G.M. WEINSTOCK. Studium genové exprese u T. pallidum. In Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2005. vyd. Brno: Přírodovědecká fakulta MU, 2005, s. 11. ISBN 80-210-3635-4.

Základní údaje

• Originální název: Studium genové exprese u T. pallidum.
• Název anglicky: Gene expression profiling in T. pallidum
• Autoři: MATĚJKOVÁ, Petra, David ŠMAJS, S.J. NORRIS a G.M. WEINSTOCK.
• Vydání: 2005. vyd. Brno, Sborník příspěvků IX. Pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů, s. 11-11, 2005.
• Nakladatel: Přírodovědecká fakulta MU

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Lékařská fakulta
• ISBN: 80-210-3635-4
• Klíčová slova anglicky: Treponema pallidum subsp. pallidum; gene expression profiling; BAC clones
• Štítky: BAC clones, gene expression profiling, Treponema pallidum subsp. pallidum

Anotace

Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Nemožnost kontinuální kultivace v in vitro podmínkách vyžaduje užití genomických přístupů pro výzkum tohoto neobvyklého patogenu. Byla připravena BAC knihovna chromozomální DNA T. pallidum v E. coli. 19 klonů této knihovny představuje minimální set obsahující 99,8 % předpovězených genů (ORF). Byla stanovena exprese genů T. pallidum v E. coli. Expresní profil genů v BAC knihovně představuje první krok pro studium regulace genové exprese genů T. pallidum. 5 treponemálních genů kódujících proteiny s domnělou regulační funkcí bylo naklonováno do expresních vektorů pBAD kompatibilních s replikačním systémem BAC. V expresním vektoru pBAD jsou tyto geny pod kontrolou arabinózového promotoru, který umožňuje regulovat jejich expresi pomocí hladiny arabinózy v kultivačním mediu. Tyto vektory byly transformovány do minimální sady BAC knihovny. Celková RNA celé sady transformované vektorem s domnělým transkripčním regulátorem byla porovnána s relevantní kontrolou s vektorem bez inzertu metodami DNA microarray hybridizace na čipu T. pallidum a kvantitativní PCR. Byly vyšetřeny geny rpoN, fhlA, hisK, soj a troR. Proteiny RpoN, FhlA a HisK byly potvrzeny jako pozitivní regulátory a produkt genu soj jako negativní regulátor. U genu troR nebyla potvrzena jeho negativní regulační funkce. Byla také vyšetřena RNA izolovaná z časově omezené kultivace treponem na tkáňových kulturách králičích epiteliálních buněk a z experimentálních lézí na králičí kůži. RNA z takto získaných organismů byla podrobena expresní analýze metodou kvantitativní PCR a výsledky byly porovnány s expresním profilem treponem izolovaných z králičích testes.

Anotace anglicky

Five treponemal genes with putative regulatory functions were cloned and expressed in the BAC library of T. pallidum DNA in the E. coli. Total RNA was isolated from the individual clones of the library and was compared to the control RNA. The regulatory function was identified for RpoN, FhlA and HisK proteins.

Návaznosti

• GA310/04/0021, projekt VaV: Název: Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

Investor: Grantová agentura ČR, Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum

• MSM0021622415, záměr: Název: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

• NI7351, projekt VaV: Název: Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice

Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice